به گزارش خبرگزاری صدا و سیما به نقل از پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری؛ متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم

با اندوه و تأسف فراوان خبر درگذشت عالم مجاهد جناب حجةالاسلام آقای دکتر جواد اژه‌ئی را دریافت کردم؛ شخصیت برجسته و ممتازی که سال‌های متمادی مجاهدت‌های بزرگ و مبارک را با اخلاص و بدون اندک تظاهری عهده‌دار شد و یادگار‌های فراموش‌نشدنی برای کشور و انقلاب بر جای گذاشت. تشکیل انجمن‌های اسلامی دانشجویان در اروپا، تشکیل مدارس استعداد‌های درخشان کشور، مدیریت پدرانه بر مجموعه‌های نخبگانی جوان، و سازنده‌ی دوران طلائی مدال‌آوری‌های علمی بین‌المللی از جمله‌ی این یادگار‌های بی‌همانند است.

این مجاهد خاموش که برادر شهیدی عزیز و داماد شهید عالیقدر آیةالله بهشتی بود بنای نخبگی و نخبه‌پروری را بر شالوده‌های محکم ایمان و انقلاب استوار ساخت و سپیدروی و سرافراز به ملاقات خداوند رحیم شتافت. اینجانب با تأسف عمیق، به همسر گرامی و صبور و فرزندان عزیز و دیگر منسوبان و بازماندگان ایشان و نیز به عموم جامعه‌ی نخبگانی کشور تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت می نمایم.

سیّدعلی خامنه‌ای
۲۴ آبان ۱۳۹۹