حاج آقا مصطفی خمینی با تأثیرپذیری از شخصیت امام خمینی(ره) به مبارزه با ظلم رژیم پهلوی پرداخت، زندان و تبعید هرگز بر اراده او خللی وارد نکرد و شهادتش قلوب مردم را متوجه حضرت امام راحل کرد.
به گزارش خبرگزاری صداوسیمای مرکز اراک؛ سیدمصطفی خمینی در ۲۱ آذر ۱۳۰۹ خورشیدی در قم دیده به جهان گشود، در کانونی مملو از معنویت و عرفان پرورش یافت و با نبوغ و استعداد خویش همگان را متعجب ساخت.
حاج آقا مصطفی تحصیلات ابتدایی را در دبستان‌های «باقریه و سنایی» سپری کرد و بعد از آن به تعلیم مقدمه‌های علوم و معارف دینی پرداخت و از محضر استادانی مثل آیات عظام «مرتضی حائری یزدی، محمد صدوقی، سیدمحمدباقر سلطانی، سیدرضا صدر، سیدحسین طباطبایی بروجردی، سیدمحمد حجت کوه‌کمری و سیدمحمد محقق داماد» بهره‌های فراوانی برد به طوری که در ۲۷ سالگی به درجه اجتهاد نایل آمد و در مدرسه حجتیه قم به تدریس اصول فقه و فلسفه مشغول شد.
مروری بر آثار این محقق و فقیه آگاه، گواهی بر نبوغ و فقاهت پویای وی است که از آن جمله می‌توان به تألیف‌هایی چون «القواعد الحکمیه، حاشیه بر شرح هدایه ملاصدرا، حاشیه بر مبدأ و معاد ملاصدرا، البیع، الاجاره، مستند تحریر الوسیله، الحاشیة علی‌العروة الوثقی، الخیارات، المکاسب المحرمه، الواجبات فی‌الصلاه، الصوم، تحریرات فی‌الاصول، الطهاره و القواعدالرجالیه» اشاره کرد.
سیدمصطفی خمینی با شروع نهضت انقلاب اسلامی در کنار امام خمینی(ره) پدر بزرگوار خویش، مبارزه علیه حکومت پهلوی را شدت بخشید و در پیشبرد آن نقش بسزایی داشت به طوری که مدتی بعد وی در پی اقدام‌های انقلابی خویش به وسیله عوامل رژیم دستگیر و به ترکیه و عراق تبعید شد.
سرانجام این فقیه جوان بعد از دورانی سراسر تلاش و مبارزه در یکم آبان ۱۳۵۶ در نجف به شهادت رسید.
حضرت امام خمینی(ره) در پی شهادت این عالم فرزانه در پیامی فرمودند: «انا لله و انا الیه راجعون، در روز یکشنبه نهم ذی القعده الحرام ۱۳۹۷ مصطفی خمینی، نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد»
همچنین حضرت امام در اولین جلسه شروع درس به عنوان تشکر از کسانی که ابراز احساسات و همدردی کردند، از این حادثه یاد کردند و فرمودند: «مصطفی امید آینده اسلام بود و فقدان او از الطاف خفیه الهی است»