موضوعات مختلف از جمله مسئله مهاجران افغان در پاکستان از عوامل تنش‌های دوامدار میان افغانستان و پاکستان بوده است.
به گزارش سرویس بین الملل خبرگزاری صدا و سیما؛ از کابل، عبور هواپیما‌های بدون سرنشین آمریکا از آسمان پاکستان و ورود آن به افغانستان، اختلافات صد ساله مرزی میان دو کشور و اخیرا مسئله مهاجران افغان در پاکستان از مهمترین عوامل اختلافات و تنش‌های ادامه دار میان کابل و اسلام آباد بوده است. «سرفراز بوگتی» وزیر کشور موقت پاکستان اخیرا افغانستانی‌های مهاجر در پاکستان را به دست داشتن در نا امنی‌های کشورش متهم کرده و گفت: از مجموع بیست و چهار مهاجم انتحاری در پاکستان در سال جاری میلادی، چهارده عامل انتحاری، افغانستانی بوده اند.
پاکستان بنا بر دلایل مختلف از جمله امنیتی در برنامه‌ای قصد دارد یک میلیون و یکصد هزارنفر از مهاجران غیرقانونی افغانستانی را از پاکستان اخراج کند و به آن‌ها تا پایان ماه جاری میلادی فرصت داده است پاکستان را ترک کنند. نماینده پاکستان در سازمان ملل متحد نیز گفته است: می‌خواهیم اطمینان حاصل کنیم که مهاجران افغانستانی در نا امنی‌های پاکستان دست ندارند.
سفارت افغانستان در پاکستان هم از بازداشت‌های گسترده مهاجران افغانستانی در پاکستان ابراز نگرانی کرد و اعلام کرد: اجساد چهار مهاجر افغان پس از بازداشت از سوی پلیس پاکستان در بیمارستان‌ها یافت شده است.
امروز «ذبیح الله مجاهد» سخنگوی حکومت سرپرست افغانستان در واکنش به اظهارات مقامات پاکستانی در بیانیه‌ای اعلام کرد: اتباع افغانستان در نا امنی‌های پاکستان دست ندارند، وی از حکومت پاکستان خواست در برنامه‌های خود در قبال مهاجران افغان تجدید نظر کند.
اظهارات:
۱- سرفراز بوگتی: وزیر کشور موقت پاکستان
۲- منیر اکرم: نماینده دائم پاکستان در سازمان ملل
۳- شیرمحمد عباس استانکزی: معاون سیاسی وزارت امور خارجه افغانستان