هندوانه دارای مزاج سرد و تر است و مصرف آن در افراد سرد مزاج مناسب نیست ؛ البته سایر افراد هم نلباید در خوردن این میوه زیاده روی کنند چون می‌تواند به انباشتگی پتاسیم و لیکوپِن در بدن بینجامد.
بخش گوشتی قرمز رنگ هندوانه حاوی آنتی اکسیدان "لیکوپن" است. رنگدانه لیکوپن اثرات آنتی اکسیدانی قوی دارد. این آنتی اکسیدان به تمامی نقاط بدن وارد می‌شود و رادیکال‌های آزاد را خنثی می‌کند.
پوست هندوانه نسبت به بخش گوشتی آن، حاوی آب و شکر کمتر و میزان فیبر بیشتری است. علاوه بر خواص بخش گوشتی هندوانه، تحقیقات نشان داده است قسمت سفید پوست این میوه حاوی مقدار زیادی اسیدآمینه "سیترولین" است که با مکانیسم اتساع سرخرگ‌ها، می‌تواند سبب بهبود گردش خون شود.
همچنین نتایج مطالعات نشان دهنده نقش مهم سیترولین در سیکل اوره بدن است، به این ترتیب که سیترولین قادر است نیتروژن خون را جذب و آن را به ادرار تبدیل کند. این آمینو اسید همچنین قادر است اسیدآمینه آرژینین تولید کند که در افراد دچار کمبود این اسیدآمینه مفید است. آرژینین همچنین می‌تواند رشد ماهیچه‌ها را بهبود داده، سیستم ایمنی را تحریک کند و با خستگی مبارزه کند.
این میوه تابستانی همچنین فاقد چربی است و در هر پیمانه فقط ۴۰ کالری دارد. از دیگر خواص هندوانه می‌توان به مقادیر بالای پتاسیم و لیکوپِن اشاره کرد. لیکوپِن یک ماده مغذی گیاهی است که به ویژه در میوه‌ها و سبزی های قرمز مانند گوجه فرنگی یافت می‌شود.
این ماده مغذی علاوه بر حفظ سلامت قلب و استخوان‌ها در پیشگیری از سرطان پروستات نیز مؤثر است. هرچه هندوانه رسیده‌تر و قرمزتر باشد، لیکوپِن بیشتری خواهد داشت. به طور کلی هر دو پیمانه از این میوه حاوی حدود ۱۵ تا ۲۰ میلی‌گرم لیکوپِن است.
تخم هندوانه نیز دارای اسید‌های چرب اشباع و غیر اشباع (اولئیک اسید و لینولئیک اسید) است که مصرف خوراکی دارد.
این افراد زیاد هندوانه نخورند
اما با همه این خواص، زیاده‌روی در خوردن هندوانه می‌تواند عارضه‌ساز باشد. این زیاده‌روی درصورتی‌که هر روز تکرار شود، می‌تواند به انباشتگی پتاسیم و لیکوپِن در بدن بینجامد. مصرف بیش از ۳۰ میلی‌گرم لیکوپِن در روز با علائمی از قبیل تهوع، اسهال، دیرهضمی و نفخ همراه خواهد بود.
کسانی نیز که پتاسیم خون‌شان بالا است، بهتر است بیشتر از یک پیمانه هندوانه در روز مصرف نکنند. (هر پیمانه هندوانه کمتر از ۱۴۰ میلی‌گرم پتاسیم دارد.) عوارض پتاسیم بالا در خون عبارت‌اند از: ضربان نامنظم قلب، سایر مشکلات قلبی‌عروقی و کاهش کنترل عضلانی. همچنین دیابتی‌ها دقت داشته باشند قند هندوانه به‌رغم اینکه از نوع طبیعی است باز هم نسبتا بالا است و باید با احتیاط مصرف شود.
در مجموع میوه هندوانه دارای آب فراوان، انرژی اندک و مواد مغذی بیشتر نسبت به سایر میوه‌ها بوده و اثرات مفیدی در بهبود سلامتی بدن دارد. در صورت مصرف به اندازه و مناسب، هندوانه می‌تواند خواص مفیدی برای فرد مبتلا به دیابت داشته باشد. البته با توجه به اینکه مصرف هندوانه همراه سایر میوه‌ها که شاخص گلیسمیک بالا دارند می‌تواند موجب افزایش قند خون به میزان خطرناک شود، بنابراین مبتلایان به دیابت بهتر است که با پزشک یا یک متخصص تغذیه در این زمینه مشورت کرده و راهنمایی بگیرند.
بهترین زمان مصرف هندوانه، بین دو وعده غذا یعنی تقریبا سه ساعت بعد از غذا و یک ساعت قبل از غذا است. مصرف هندوانه همراه یا بلافاصله بعد از خوردن غذا، سبب ایجاد اختلال در هضم می‌شود.