مخالفت علما با اصلاحات آمریکایی رژیم پهلوی برای شاه بسیار گران می‌آمد. از اینرو رژیم شاهنشاهی تبلیغات وسیعی را بر ضد روحانیت و امام خمینی آغاز کرد؛ و در دوم فروردین سال ۱۳۴۲ با حمله به مدرسه فیضیه، لکه ننگ دیگری را در تاریخ به نام خود ثبت کرد.
به گزارش سرویس وبگردی خبرگزاری صدا وسیما شاه در مورد آمادگی جامعه ایران برای انجام اصلاحات امریکا به مقامات واشنگتن اطمینان داده بود و نام اصلاحات را انقلاب سفید نهاده بود. مخالفت علما برای وی بسیار گران می آمد.
-
- مخالفت عده‌ای از مراجع با اجرای رفراندوم و تحریم آن و عدم استقبال مردم و طلاب از شاه در سفر به قم که به منظور جلب نظر مراجع در مورد اجرای رفراندوم بود.
- ناکامی رژیم درتوطئه انتقال مرجعیت شیعه از قم به نجف، (این طرح با مخالفت جدی امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) مواجه شد.
عوامل دیگری از این دست سبب شد رژیم شاه با اتخاذ تصمیمی ناشیانه تعداد زیادی از نیروهای امنیتی خود را به قم گسیل دارد و با ایجاد جوی از رعب و وحشت علما و طلاب و طرفداران امام خمینی را سرکوب نموده و علت همه ناهنجاری‌ها را به گردن امام بیندازد و با زهر چشم گرفتن از آن‌ها حمایت اجباری سراسر کشور را به دست آورد
و اقتدار امنیتی و نظامی دولت را برای همه گروه‌های مبارز گوشزد نماید. که در جریان مبارزه نتیجه عکس داد. هر چند که رژیم در جریان این توطئه ظاهرا موفق شده بود.
ماموریت اخلالگران
از محتوای اسناد و خاطرات چنین برمی آید که ماموریت اصلی نیروهای امنیتی اخلالگر اعزامی از تهران به قم عبارت بود از، ایجاد اغتشاش، ایجاد شبهه در میان افراد ساده لوح با حرکت‌های شبه مذهبی، سوء استفاده از شعایر مذهبی و دینی، تحریک عصبیت در مبارزین و رهبری جریان انقلابی در مراسم سوگواری منزل امام، مدرسه حجتیه و مدرسه فیضیه.
توطئه ماموران امنیتی در مجلس سوگواری که در منزل امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) برگزار شد، همچنین مجلس سوگواری که در مدرسه حجتیه قم برگزار شد ناکام ماند.
در جریان خانه امام با مهارت خیلی زیاد و اقتدار کامل، افراد بیت امام، اخلالگران را رسوا نمودند و مشت آن‌ها را پیش همگان باز نمودند. و حتی این واقعه بر عصبیت مزدوران شاهی افزود.
عصر روز دوم فروردین ماه ۱۳۴۲ مصادف با روز وفات امام صادق (علیه‌السّلام)، مجلس سوگواری از طرف آیت‌الله گلپایگانی در مدرسه فیضیه با حضور آیت‌الله گلپایگانی برگزار شد.
ماموران شاه برای اجرای نقشه خود پس از ناکامی در دو مجلس قبلی بر تعداد نیروهای خویش افزودند. کامیون‌های سرباز مسلح در بیرون مدرسه فیضیه در حال آماده باش مستقر گردید.
بعد از گذشت مدتی از شروع مراسم و حضور آیت‌الله گلپایگانی واعظی به نام «شیخ انصاری» به منبر رفت. وی از همان آغاز سخنرانی با صلوات‌های بیجای عده‌ای از حاضران مواجه شد. اخلالگران در دو گروه ۷۰ و ۳۰ نفری در دو طرف مجلس قرار گرفته بودند و به نوبت صلوات می‌فرستادند.
پس از پایان سخنرانی یکی از اخلالگران فریاد زد «برای سلامتی شاهنشاه آریا مهر صلوات» مردم به هیجان آمدند و
ضرب و شتم طلاب و روحانیون توسط افراد اخلالگر آغاز شد. این گروه با چوب و چاقو به جان طلاب افتادند.
عده‌ای طلاب به طبقه فوقانی مدرسه رفته و با پرتاب سنگ و آجر به کماندوها حمله کردند. مهاجمین به طبقه بالا رفته و در آنجا ضمن درگیری و مضروب ساختن تعدادی از آن‌ها، چند نفر را از بالا به پائین انداختند.
ماموران شاه کتاب‌ها و قرآن‌ها را پاره‌پاره کردند و لوازم و اثاث اتاق طلاب را به میان صحن مدرسه ریختند.
این فاجعه مبارزات ملت ایران را وارد مرحله تازه‌ای کرد که به قیام 15 خرداد42 منجر شد. امام خمینی(رحمة‌الله‌علیه) با اتخاذ تدابیری سنجیده توانست از این واقعه برای پیشرفت نهضت سود جوید. پس از این حادثه حضرت امام (رحمة‌الله‌علیه) و عده زیادی ازعلما ، مراجع ، شخصیت‌ها و گروه‌های مذهبی در محکومیت این فاجعه اعلامیه صادر کردند و مردم را هر چه بیشتر با ماهیت رژیم شاهنشاهی آشنا کردند.
حادثه مدرسه فیضیه قم، لکه ننگین بزرگی برای دستگاه پهلوی بود و پرچم مبارزه را بر فراز مرکز روحانیون برافراشت
و باعث شد که مردم ایران به ماهیت رژیم پهلوی بیش از پیش آگاه شوند.