بنابر اعلام معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت براساس ارزشیابی فعالیت‌های پژوهشی و فناوری مراکز تحقیقات بیومدیکال دارای ردیف مستقل بودجه، پژوهشگاه رویان جهاد دانشگاهی موفق به کسب رتبه سوم در گروه ارزشیابی مرتبط شده است.
پژوهشگاه رویان که در قالب سه پژوهشکده و چند مرکز تخصصی فعالیت می‌کند، رتبه‌های برتر دیگری را در سطح ملی، بین المللی و واحد‌های پژوهشی جهاد دانشگاهی کسب کرده است و بنابر اعلام رتبه‌بندی اس‌آی‌آر (SIR) پژوهشگاه رویان در رتبه هشتم کشور و ۵۵۵ام جهان قرار گرفته است. بهترین عملکرد پژوهشگاه رویان در بعد نوآورانه است که بعد نوآوری شامل پروانه ثبت اختراع، تأثیر فناورانه و دانش نوآورانه است.
بنا بر اعلام پایگاه اطلاعات علمی جهاد دانشگاهی (SID)، پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان در رتبه ششم کشور و ۵۳۶ام جهان با بهترین عملکرد در بعد نوآوری است که در این بعد در رتبه اول خاورمیانه قرار گرفته است. همچنین پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان بهترین عملکرد را در میان سازمان‌های جهاددانشگاهی داشته است.
پژوهشکده تولید مثل پژوهشگاه رویان نیز در رتبه ۲۷ام کشور و ۶۵۳ام جهان قرار گرفته است. بهترین عملکرد این پژوهشکده نیز در بعد نوآوری است که در این بعد در رتبه دوم خاورمیانه قرار گرفته است.