بنیادملی نخبگان به منظور هدایت هدفمند دانشجویان صاحب استعداد برتر در دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌های‌کشور و پشتیبانی از فعالیت‌های نخبگانی آنان به شماری از دانشجویان صاحب استعداد برتر کشور، تسهیلاتی اعطا می‌کند.
این تسهیلات شامل "کمک‌هزینةتوان‌مندی آموزشی -کارآفرینی"، «کمک‌هزینة ارتباطات علمی»، «اعتبار آموزش‌یاری، فن‌یاری، همکاری‌های علمی و اجرایی» ، «اعتبار اجرای پایان‌نامه، رساله»، «راتبة دانشجویی»، «هدیة ازدواج»، «اعتبار هستة مسئله‌محور پژوهشی،فناورانه»، «کمک‌هزینة اعزام به فرصت مطالعاتی»، «کمک‌هزینة شرکت در مجامع علمی داخلی و خارجی»، «وام ودیعة اجارة مسکن» و «برنامه‌های فرهنگی» است‌که هرساله به دانشجویان مستعد تحصیلی در دانشگاه‌ها اختصاص می‌یابد.
برنامة پشتیبانی بنیاد ملّی نخبگان از دانشجویان صاحب استعداد برتر کشور از سال تحصیلی ۸۷-۱۳۸۶ آغاز شد و از سال تحصیلی ۹۴-۱۳۹۳ بر اساس رویکرد‌های سند راهبردی کشور در امور نخبگان بازنگری شده که از مهم‌ترین نتایج آن می‌توان به «افزایش تعداد مشمولان»، «گسترش بیشتر دامنة پشتیبانی در سراسر کشور»، «ارائه خدمات موردنیاز برای انجام فعالیت‌های علمی فردی وگروهی» و "ترویج فرهنگ‌کار و تلاش به جای ایجاد توقع" اشاره کرد.