هیئت دولت در اجرای تکلیف مقرر در ماده واحده قانون انتقال آب از دریای عمان به استان سیستان و بلوچستان، آیین نامه اجرایی این ماده را تصویب کرد .
به موجب این آیین نامه، علاوه بر همکاری تمامی دستگاه‌های اجرایی در جهت صدور مجوزهای مورد نیاز در چارچوب قوانین و مقررات و تسهیل فرآیند اجرای طرح، وزارت نیرو برای مناطقی از استان که از منابع آب انتقالی طرح برخوردار می‌شوند، از طریق فرآیند بازتخصیص آب، سهم آب سطحی و زیرزمینی تخصیص یافته به صنایع را با منابع آب انتقالی طرح جایگزین خواهد نمود.
وزارت نیرو همچنین حداکثر دو ماه پس از ابلاغ این آیین نامه، نقاط مصرف اولویت دار را برای انتقال آب جهت تأمین آب شرب و میزان نیاز آبی مربوط تعیین و به شرکت تأمین آب صنایع و معادن به عنوان شرکت سرمایه گذار و مجری طرح اعلام خواهد کرد و با همکاری سازمان برنامه و بودجه کشور، برای تأمین آب شرب از محل طرح، قرارداد خرید تضمینی آب شرب با شرکت مذکور منعقد می‌نماید.
وزارت صنعت، معدن و تجارت نیز ظرف مدت دو ماه پس از ابلاغ این آیین نامه، میزان نیاز آبی بخش صنعت و نقاط مصرف اولویت دار را در سطح استان تعیین و به وزارت نیرو و شرکت تأمین آب صنایع و معادن اعلام می‌کند.
همچنین وزارتخانه های صنعت، معدن و تجارت و نیرو و سایر دستگاه های مرتبط با طرح، با ممانعت از تعریف طرح‌های موازی تأمین و انتقال آب دریا برای اهداف یکسان با این طرح، زمینه پایداری طرح را فراهم می‌نمایند.
علاوه بر این، وزارت امور اقتصادی و دارایی و بانک مرکزی اقدامات لازم را برای برخورداری شرکت تأمین آب صنایع و معادن از سرمایه گذاری و یا تسهیلات داخلی و یا خارجی و نیز اولویت استفاده از تسهیلات صندوق توسعه ملی در چارچوب قوانین و مقررات انجام می‌دهد.
شرکت تأمین آب صنایع و معادن نیز مکلف است با هدف افزایش بهره‌وری اقتصادی و رعایت ملاحظات محیط زیستی، رأساً یا از طریق ظرفیت‌های دانش بنیان، نسبت به تولید محصولات جانبی نظیر استفاده از نمک و استحصال مواد معدنی (فلزات بازمانده) از فرآیند نمکزدایی اقدام نماید و معاونت علمی و فناوری رئیس جمهور و وزارتخانه‌های صنعت، معدن و تجارت و نیرو همکاری لازم را در دستیابی به فناوری، صدور مجوزها و بازاریابی محصولات به عمل خواهند آورد.
همچنین به منظور تکمیل و اصلاح سامانه‌های اول و دوم انتقال آب از چاه نیمه‌ها به زاهدان، وزارت نیرو با سرمایه‌گذاری شرکت سرمایه گذار با رعایت قوانین و مقررات مربوط به گونه ای اقدام خواهد کرد که امکان تبادل و انتقال آب میان زاهدان و سیستان بطور رفت و برگشتی فراهم شود تا بتوان آب نمکزدایی شده را در مواقع کم آبی چاه نیمه‌ها به سیستان منتقل نمود.
با موافقت وزارت نیرو و در چارچوب قوانین و مقررات مربوط، استفاده از سامانه مذکور و سایر سامانه‌های آبرسانی (در حال ساخت و بهره‌برداری) برای شرکت امکان‌پذیر است.