در قالب فاز سوم طرح توسعه مجتمع بندری شهید رجایی، حوضچه سوم بندر شهید رجایی احداث می‌شود که ظرفیت پهلوگیری کشتی‌هایی با تناژ ۱۸ هزار و ۴۰۰ TEU را دارد و در فاز سه توسعه بندر شهید رجایی ۱۴۰۰ متر اسکله نیز ساخته می‌شود.
همچنین عملیات مرتبط با اراضی متناظر در پسکرانه به مساحت ۴۴ هکتار شامل تکمیل عملیات بلوک چینی محوطه و تکمیل عملیات اجرای ساختمان‌ها و تاسیسات مرتبط با محدوده پروژه با پیشرفت فیزیکی ۸۰ درصد، بخش دیگری از اجرای فاز سوم طرح توسعه مجتمع بندری شهید رجایی است.
در عین حال انجام عملیات لایروبی پای اسکله و حوضچه به میزان ۱.۷ میلیون مترمکعب و تکمیل پست دوم اسکله کانتینری فاز ۳ بندر شهید رجایی متناسب با شناور طرح تا متراژ ۹۰۰ متر از دیگر اقدامات زیرمجموعه این طرح به شمار می‌رود.
ارتقاء جایگاه بندر کانتینری شهید رجایی در رقابت با سایر بنادر منطقه از دیگر مزایای اجرای کامل فاز سوم طرح توسعه بندر شهید رجایی است، بر این اساس افزایش ظرفیت اسمی تخلیه و بارگیری ترمینال کانتینری از ۶.۳ میلیون TEU به ۸.۴میلیون TEU برای پهلوگیری شناور‌های با ظرفیت ۱۸۴۰۰ TEU و تناژ ۱۸۵۰۰۰ DWT، احداث سه پست اسکله به طول ۱۴۰۰ متر، لایروبی حوضچه شماره ۳، محوطه سازی و تاسیسات زیربنایی و روبنایی با سطح تقریبی ۱۱۳ هکتار و ساختمان‌های مورد نیاز و نیز حفاظت ساحلی از جمله اهداف تبیین شده برای پروژه یاد شده است.
با تکمیل مرحله سوم این بندر، امکان پهلوگیری همزمان سه کشتی نسل هفتم اقیانوس پیما با آبخور ۱۷.۵ متر و طول ۴۰۰ متر با بیش از ۱۸ هزار و ۴۰۰ TEU کانتینر فراهم می‌شود و قدرت رقابتی با بنادر رقیب در منطقه افزایش بسزایی خواهد داشت.