با توجه به اعلام دفتر گسترش آموزش عالی و تأیید ظرفیت دانشجو در سال ۱۴۰۱، دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم نیز همچون سایر دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی کشور از میان داوطلبان تحصیل در این مجموعه قرآنی دانشجو می‌پذیرد.
در مقطع کارشناسی، دانشکده‌های علوم قرآنی تهران، قم، مشهد، شیراز و اصفهان فقط از طریق آزمون سراسری و دانشکده‌های علوم قرآنی آمل، بندرعباس، بجنورد، خمین، خوی، زابل، زاهدان، سبزوار، شاهرود، کرمانشاه، مراغه، ملایر و میبد صرفاً به‌صورت سوابق تحصیلی در رشته علوم قرآن و حدیث دانشجو می‌پذیرند.
همچنین تمام پذیرش‌ها در مقطع کارشناسی ارشد از طریق آزمون کارشناسی ارشد سازمان سنجش سال ۱۴۰۱ خواهد بود که شامل دانشکده‌های آمل، تهران، اصفهان، شیراز، قم، کرمانشاه، مشهد، خوی، مراغه، ملایر، میبد، زاهدان و زابل است.
ظرفیت کل پذیرش دانشجو در سال تحصیلی جدید، ۵۰۰ نفر در مقطع کارشناسی برای تمام دانشکده‌ها و ۲۵۰ نفر در مقطع کارشناسی ارشد است. رشته‌ها و گرایش‌های این دانشگاه در سال تحصیلی جدید در مقطع کارشناسی شامل «علوم قرآن و حدیث» و در مقطع کارشناسی ارشد شامل رشته «علوم قرآنی» با سه گرایش ادبی، اعجاز و مستشرقان است.
کدرشته‌ها و دیگر اطلاعات مربوط به ثبت‌نام متقاضیان پس از صدور دفترچه‌های پذیرش علاوه بر سایت سازمان سنجش در سایت دانشگاه به نشانی WWW.QURAN.AC.IR قرار خواهد گرفت.