دکتر چمران با پیروزی انقلاب اسلامی بعد از ۲۱ سال به ایران بازگشت و همه تجربیات انقلابی و علمی خود را در خدمت جمهوری اسلامی ایران به کار گرفت.
شهید چمران سیام خرداد ۱۳۶۰ یعنی یک ماه پس از پیروزی در ارتفاعات «اللهاکبر»، در نشست فوقالعاده شورای عالی دفاع در اهواز، از بی تحرکی و سکون نیروها انتقاد کرد و پیشنهادهای نظامی خود و از جمله حمله برای آزادسازی بستان را ارائه کرد. وی سیویکم خرداد ۱۳۶۰ در دهلاویه و بر اثر اصابت ترکش خمپاره دشمن به شهادت رسید.
دکتر چمران پیش از شهادت برای تعلیم چریکهای مبارز ایرانی و ایجاد پایگاه چریکی مستقل به لبنان سفر کرد و سازمانی به نام «امل» را بر اساس اصول و مبانی اسلامی ایجاد کرد.
پیروزی انقلاب اسلامی در سال ۱۳۵۷ مقدمه فعالیت هایش در ایران شد. در فهرست زیر مهمترین و تازهترین کتابهای منتشر شده این فرمانده شهید به چاپ رسیده است:
۱. زمزم عشق: شرح مفاهیم عرفانی در نیایشهای شهید چمران/ اسماعیل منصوری لاریجانی/ شرکت چاپ و نشر بینالملل/ ۱۳۹۴.
۲. آسوده اش نگذارید: دکتر مصطفی چمران، مهدی میرکیایی؛ ویراستار: علی عابدی؛ تصویرگر:سیدحسام الدین طباطبایی/ امیرکبیر، کتابهای شکوفه/ سال ۱۳۹۴.
۳. پرستوی دهلاویه: تاریخ شفاهی زندگانی و مبارزات شهید مصطفی چمران/ مجید نجف پور - مرکز اسناد انقلاب اسلامی، موسسه فرهنگی هنری و انتشارات/ ۱۳۹۳.
۴. مرد رویاها: سیدمهدی شجاعی/ کتاب نیستان/ ۱۳۹۲.
۵. دلم برایش تنگ شده: براساس زندگی شهید مصطفی چمران/ محمدعلی جعفری/ امیرکبیر/ ۱۳۹۱.
۶. مصطفی چمران: نگاهی به زندگی و مبارزات شهید دکتر چمران/ به اهتمام: امیر صادقی گیوی - میراث اهل قلم/ ۱۳۹۰.
۷. همیشه مسافر: زندگینامه داستانی شهید دکتر مصطفی چمران/حسین نصرالله زنجانی/ آل احمد (ع) / ۱۳۹۰.
۸. همیشه مسافر: زندگینامه داستانی شهید دکتر مصطفی چمران/ حسین نصرالله زنجانی/ فاتحان.
۹. عارفانهها / مهدی چمران / نوربخش/ ۱۳۸۸،
۱۰. مصطفی چمران؛ مردی برای تمامی فصول / نرگس علی مردانی / نشر وزراء / ۱۳۸۶.
۱۱. نیایشها / به کوشش مهدی چمران / وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، سازمان چاپ و انتشارات / ۱۳۸۶.
۱۲. اینجا چه میکنی گل سرخ / اصغر فکور / نشر شاهد / ۱۳۸۵.
۱۳. مرگ از من فرار میکند (کتاب چمران) / فرهاد خضری / روایت فتح / ۱۳۸۴.
۱۴. افلاکیان زمین (جلد ۴: مصطفی چمران) / محمدحسین عباسی ولدی / نشر شاهد /۱۳۸۴.
۱۵. پروانههای سوخته (جلد ۱: مروری بر زندگی وزرای شهید وزارت دفاع) / سازمان عقیدتی سیاسی وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، معاونت پژوهش و اطلاع رسانی / انتشارات دفاع / ۱۳۸۳.
۱۶. یادنامه شهید بزرگوار دکتر مصطفی چمران / قلم / ۱۳۸۳.
۱۷. دعای کمیل / ترجمه مصطفی چمران / دفتر نشر فرهنگ اسلامی / ۱۳۸۲.
۱۸. مجاهد هنرمند / مهدی مطهرنیا / دفاع (سازمان عقیدتی سیاسی وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح) / ۱۳۸۱.
۱۹. یادگاران (جلد ۱: کتاب چمران) / رهی رسولی فر / روایت فتح / ۱۳۸۱.
۲۰. آیت مجاهدان / مجید نظری / مرکز پژوهشهای اسلامی صدا و سیما / ۱۳۸۱.
۲۱. ۱۴سردار / تدوین احمد امامی راد / مهدیه / ۱۳۸۰.
۲۲. کردستان / مصطفی چمران؛ تهیه و تدوین بنیاد شهید چمران / دفتر نشر فرهنگ اسلامی / ۱۳۸۰.
۲۳. خدا بود و دیگر هیچ نبود / مصطفی چمران؛ به کوشش مهدی چمران / وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، سازمان چاپ و انتشارات / ۱۳۸۰.
۲۴. علی زیباترین سرود هستی / مصطفی چمران، گردآوری و تدوین مهدی چمران /دفتر نشر فرهنگ اسلامی؛ بنیاد شهید چمران / ۱۳۸۰.
۲۵. مبانی، آفات و راهکارهای انقلاب اسلامی از دیدگاه شهید چمران / اسماعیل منصوری لاریجانی/ مؤسسه فرهنگی انتشاراتی آیه / ۱۳۸۰.
۲۶. بینش و نیایش (مجموعه) / بنیاد شهید چمران / دفتر نشر فرهنگ اسلامی/ ۱۳۸۰.
۲۷. شهید چمران / احمد دهقان / مدرسه (دفتر انتشارات کمک آموزشی سازمان پژوهش و برنامه ریزی آموزشی) / ۱۳۷۹.
۲۸. زمزم عشق / اسماعیل منصوری لاریجانی / مرکز نشرفرهنگی آیه / ۱۳۷۹.
۲۹. پاوه سرخ / داوود بختیاری دانشور / دفتر ادبیات و هنر مقاومت / ۱۳۷۹.
۳۰. تاریخ انقلاب برای کودکان و نوجوانان (کتاب ۸: ۱۳۶۲: به سوی پیروزی) / با اهتمام مصطفی خرامان / نشر تاریخ و فرهنگ / ۱۳۷۸.
۳۱. تاریخ انقلاب، برای کودکان و نوجوانان (کتاب ۶: ۱۳۶۰: آسمان پر ستاره) / با اهتمام مهرداد غفارزاده / نشر تاریخ و فرهنگ / ۱۳۷۸.
۳۲. یک آسمان ستاره/ مهدی فتحی/ اسپید/ ۱۳۷۸.
۳۳. رقصی چنین میانه میدانم آرزوست / شهید دکتر مصطفی چمران / بنیاد شهید چمران؛ بنیاد حفظ آثار و ارزشهای دفاع مقدس / ۱۳۷۸.
۳۴. چمران، به روایت همسر شهید (نیمه پنهان ماه؛ ۱) / حبیبه جعفریان / روایت فتح / ۱۳۷۸.
۳۵. شهید سرافراز دکتر مصطفی چمران (یاران امام به روایت اسناد ساواک؛ ۱۱) / وزارت اطلاعات، مرکز بررسی اسناد / ۱۳۷۸.
۳۶. سردار خوبیها / بنیاد حفظ آثار و ارزشهای دفاع مقدس، مدیریت انتشارات / ۱۳۷۷.
۳۷. لبنان / مصطفی چمران / بنیاد شهید چمران/ ۱۳۷۶.
۳۸.ای خون آرام باش (مجموعه خاطرات رزمندگان ارتش جمهوری اسلامی ایران) / مصطفی چمران؛ به کوشش سیدامیر معصومی/ دفتر ادبیات و هنر مقاومت / ۱۳۷۲.
۳۹. جهاد و شهادت / حوزه علمیه قم، دفتر انتشارات اسلامی/ ۱۳۶۱.
۴۰. جنایات بعث عراق در ارتباط با صهیونیست جهانی و انقلاب اسلامی/ مصطفی چمران / قیام (قم) / ۱۳۶۴.
۴۱. مرد عمل، جهاد و شهادت (سخنرانی استاد سیدعلی خامنهای به مناسبت چهلمین روز شهادت شهید دکتر مصطفی چمران) / حزب جمهوری اسلامی/ ۱۳۶۰.