نمایندگان مجلس به منظور تأمین نظر شورای نگهبان به رفع ایرادات لایحه دوفوریتی درآمدپایدار و هزینه شهرداری‌ها و دهیاری‌ها پرداختند.
نمایندگان با اصلاحات صورت گرفته توسط کمیسیون امور داخلی کشور و شورا‌ها در بند (الف) تبصره (۱) ماده (۴) و الحاق ۳ تبصره (۳، ۴ و ۵) به این ماده موافقت کردند، اصلاحات اعمال شده به شرح زیر است:
الف- عوارض محلی، وجوهی است که برای تامین بخشی از هزینه‌های شهر و روستا بر مواردی اعم از اراضی، مستحدثات؛ تاسیسات؛ تبلیغات معابر و فضا‌های درون شهری و روستایی و ارزش افزوده ناشی از اجرای طرح‌های توسعه شهری و روستایی و دارایی‌های غیر منقول مطابق قوانین و مقررات تعیین می‌گردد. عناوین عوارض و ترتیبات وصول آن با پیشنهاد شورای اسلامی شهر‌ها و بخش‌ها پس از تایید شورای عالی استانها تهیه گردیده و حداکثر تا پایان آذرماه هر سال توسط وزیر کشور تصویب و ابلاغ می‌شود. وضع هرگونه عوارض به غیر از موارد اعلام شده ممنوع می‌باشد و مشمول مجازات درجه شش موضوع ماده ۱۹ قانون مجازات اسلامی خواهد بود. عوارض ابلاغی باید مطابق با ضوابط ذیل باشد:
۱ - تناسب وضع عوارض با توجه به شرایط محلی و دسته بندی شهرداری‌ها اعم از کلان شهر‌ها (شهر‌های بالای یک میلیون نفر)، سایر شهر‌ها و روستا‌ها
۲ - برنامه‌ریزی در جهت وضع عوارض بر بهره برداری به جای وضع عوارض بر سرمایه‌گذاری
۳ - عدم اخذ عوارض مضاعف
۴ - ممنوعیت دریافت بها خدمت و سایر عناوین مشابه در مواردی که عوارض وضع یا ابطال شده باشد
۵ - عدم اجحاف و تبعیض در اخذ عوارض به ویژه بین اشخاص حقیقی و حقوقی
۶ - توجه به افراد ناتوان در پرداخت و لحاظ معافیت‌ها یا تخفیف برای گروه‌های ناتوان از جمله افراد تحت پوشش کمیته امداد امام خمینی (ره) و سازمان بهزیستی کشور
۷ - مبنای محاسبه عوارض در انواع عوارض محلی قیمت‌های معاملاتی موضوع ماده ۶۴ قانون مالیات‌های مستقیم و تبصره‌های آن باشد.
۸ - حداکثر رشد عوارض محلی نسبت به سال قبل به میزان تورم اعلامی مراجع ذی صلاح می‌باشد.
۹ - بهای خدمات دریافتی توسط شهرداری‌ها و دهیاری‌ها منحصر در عناوینی است که در دستورالعمل صدر ماده به تصویب وزیر کشور رسیده است.
تبصره ۳: شهرداری و دهیاری موظفند کلیه عناوین و نحوه محاسبه عوارض را پس از طی مراحل قانونی، حداکثر تا پایان بهمن ماه برای اجرا در سال بعد به اطلاع عموم برسانند. وزارت کشور مسئول نظارت بر اجرای این تکلیف و معرفی مستنکفان به مراجع قانونی می‌باشد.
تبصره ۴:برقراری هرگونه عوارض و سایر وجوه برای انواع کالا‌های وارداتی و تولیدی و همچنین ارایه خدمات که در قانون مالیات بر ارزش افزوده و سایر قوانین، تکلیف مالیات و عوارض آن‌ها تعیین شده است؛ همچنین برقراری عوارض به درآمد‌های ماخذ محاسبه مالیات؛ سود سهام شرکت‌ها؛ سود اوراق مشارکت؛ سود سپرده‌گذاری و سایر عملیات مالی اشخاص نزد بانک‌ها و موسسات اعتباری غیر بانکی مجاز توسط شورا‌های اسلامی و سایر مراجع ممنوع است.
تبصره ۵: از تاریخ لازم‌الاجرا شدن این قانون، تبصره ۱ ماده ۵۰ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۷/ ۲/ ۱۳۸۷ با اصلاحات و الحاقات بعدی نسخ می‌گردد.
در ادامه نمایندگان جهت تأمین نظر شورای نگهبان با حذف تبصره (۱) ماده (۹) این لایحه با ۱۸۳ رأی موافق، ۵ رأی مخالف، ۱۳ رأی ممتنع از ۲۴۶ نماینده حاضر موافقت کردند.
بر اساس تبصره حذف شده شهرداری‌ها و دهیاری‌ها از پرداخت حق ثبت املاک معاف می‌باشند.
همچنین نمایندگان با اصلاحات اعمال شده در ماده ۱۱ این لایحه موافقت کردند. اصلاحات صورت گرفته به شرح زیر است:
ماده ۱۱- مالکین موظفند هنگام پرداخت مالیات ماده (۵۹) قانون مالیات‌های مستقیم موضوع مالیات نقل و انتقال قطعی املاک و انتقال حق واگذاری به ترتیب دو درصد (۲%) و یک‌درصد (۱%) به‌عنوان عوارض به حساب شهرداری محل واریز نمایند.
تبصره- افراد تحت پوشش کمیته امداد امام خمینی (ره) و سازمان بهزیستی کشور و سایر افراد ناتوان از پرداخت، از پرداخت عوارض مذکور معاف هستند.
آیین‌نامه اجرایی این تبصره که شامل نحوه تشخیص افراد موضوع این تبصره بر اساس سطح درآمد و دارایی آن‌ها است، توسط وزارت کشور، وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی و وزارت امور اقتصادی و دارایی با همکاری کمیته امداد امام خمینی (ره) تدوین می‌شود و حداکثر ظرف سه‌ماه از تاریخ لازم‌الاجراءشدن این قانون به تصویب هیأت وزیران می‌رسد.
در ادامه نمایندگان با رفع ایرادات صورت گرفت توسط کمیسیون شورا‌ها پیرامون تبصره (۲) ماده (۱۵) موافقت کردند.
تبصره (۲) ماده (۱۵) بدین شرح اصلاح شد: در صورتی که مطالبات قطعیت یافته شهرداری از اشخاص حقیقی و حقوقی مستند به اسناد قطعی و بیش از یک میلیارد (۱.۰۰۰.۰۰۰.۰۰۰) ریال باشد پس از طی مراحل قانونی مطالبات مذکور در حکم مطالبات مستند به اسناد لازم‌الاجراء بوده و طبق مقررات مربوط به اجرای مفاد اسناد رسمی خواهد بود. میزان تعیین‌شده برای مطالبات متناسب با نرخ تورم اعلامی توسط بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران همه‌ساله افزایش می‌یابد.
نمایندگان در جریان بررسی گزارش کمیسیون شورا‌ها و امور داخلی کشور پیرامون لایحه فوق‌الذکر با اصلاح تبصره ماده ۱۸ موافقت کردند. اصلاحات اعمال شده به شرح زیر است: دستورالعمل نحوه دریافت تسهیلات در دهیاری‌ها توسط وزیر کشور تصویب و ابلاغ می‌گردد.
در ادامه نمایندگان با اصلاحات اعمال شده توسط کمیسیون شورا‌ها در ماده ۲۰ این لایحه و تبصره الحاق شده به آن نیز موافقت کردند؛ اصلاحات صورت گرفته به شرح زیر است:
در راستای ارتقای سطح دانش شهرداری‌ها، دهیاری‌ها و شورا‌های اسلامی به وزارت کشور اجازه داده می‌شود تا دودهم درصد (۲/۰%) از عوارض متمرکز در اختیار وزارت کشور را برای آموزش‌های کاربردی نیرو‌های شاغل در شورا‌های اسلامی، شهرداری‌ها و دهیاری‌ها بر اساس دستورالعملی که ظرف شش‌ماه از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون مشترکاً توسط سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌های کشور و شورای‌عالی استانها تهیه می‌شود و توسط وزیر کشور تصویب و ابلاغ می‌گردد، هزینه نماید.
همچنین یک تبصره به شرح زیر به این ماده اضافه شد: اساسنامه سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌های کشور به عنوان موسسه دولتی وابسته به وزارت کشور توسط هیات وزیران تهیه و حداکثر ظرف سه ماه از تاریخ لازم الاجرا شدن این قانون به تصویب مجلس شورای اسلامی می‌رسد.