جریان آب در زاینده رود برای حفظ محیط زیست از اولویت‌های سازمان محیط زیست است.
دکتر سلاجقه افزود: برداشت‌های غیرمجاز آب از زاینده رود موجب شده حقابه محیط زیستی زاینده رود رعایت نشود در حالیکه سازمان محیط زیست حقابه زاینده را در سه وضعیت کم آبی، میان آبی و پرآبی مشخص کرده و وزارت نیرو مکلف است براساس میزان آب، حقابه زاینده رود در مسیر اصفهان تا تالاب را تعیین وآب را رهاسازی کند.
وی گفت: در صنایع اصفهان با روش بازچرخانی در تامین آب طرح‌های مناسبی اجرا شده و لازم است چاه‌ها پلمب شود تا از پیشروی فرونشست زمین در مناطق مختلف اصفهان جلوگیری شود و آب برای تامین حقابه زاینده رود در مسیر اصفهان تا تالاب گاوخونی مدیریت شود.
رئیس سازمان حفاظت محیط زیست همچنین جهادکشاورزی را موظف به مدیریت منابع آب دانست تا به حوزه کشاورزی آسیب وارد نشود.