با وجود اهمیت بکارگیری دانش نوین در توسعه کشاورزی، سهم بخش کشاورزی از شرکت‌های دانش بنیان تنها ۴ درصد است.
به گزارش خبرگزاری صدا و سیما، بر اساس بند ث ماده ۳۱ قانون برنامه ششم توسعه در بخش کشاورزی دولت موظف به سرمایه گذاری مورد نیاز جهت انجام امور تحقیقاتی و نظام نوین ترویج و انتقال فناوری، تقویت شرکت‌های دانش بنیان، استقرار مدیریت دانش و تجهیز مراکز جهادکشاورزی است.
رهبر انقلاب نیز بارها بر لزوم ورود دانش بنیان‌ها به بخش کشاورزی تاکید کرده اند و این امر را عامل امنیت غذایی، افزایش درآمد کشاورزان و حل مشکلات کمبود دانستند. ایشان در این زمینه فرمودند: با دانش بنیان شدن کشاورزی کشور حجم محصولات را افزایش پیدا می‌کند، کیفیت محصولات بالا می‌رود، قیمت تمام شده کاهش پیدامی کند و در واقع دانش بنیان کردن تولید بهره وری فعالیت‌های اقتصادی را ارتقا می‌دهد.
آقای کمیزی یک فعال دانش بنیان است که با استفاده از پسماند‌های کشاورزی و دامی توانسته در پارک علم و فناوری خراسان شمالی کود زیستی تولید کند. کمیزی در ادامه از ویژگی کود بیولوژیکی گفت: علاوه بر رشد رویشی و زایشی و افزایش بازدهی محصولات کشاورزی همچنین باعث مقاومت گیاه در برابر شرایط نامساعد محیطی و برخی بیماری‌های قارچی و باکتریایی می‌شود.
ربیعی دیگر فعال دانش بنیان در استان اصفهان از چالش‌ها پیش روی شرکت‌های دانش بنیان در بخش کشاورزی گفت: بعضا بعد از تولید محصول می‌بینیم که مشابه خارجی با حمایت و سوبسید‌های دولتی وارد می‌شود و بازار محصولات تولیدی شرکت‌های دانش بنیان را زیر سوال می‌برد.
خیام نکویی رییس سازمان تحقیقات آموزش و ترویج وزارت جهاد کشاورزی در پاسخ این مشکل گفت: شرکت دانش بنیانی که موفق شود تولیدی را به مرحله عمل برساند و قابلیت انتقال به بخش کشاورزی داشته باشد، وزارت جهاد کشاورزی هم با تعرفه گذاری از شرکت حمایت می‌کند و علاوه بر این اگر تولیدی قابلیت ممنوع کردن واردات داشته باشد در صورتی که قانون این اجازه را بدهد این حمایت هم ضصورت خواهد گرفت.
از چالش‌های دیگر که فعالان دانش بنیان کشاورزی به آن اشاره می‌کنند می‌توان به پیچ و خم‌های اداری در دریافت تسهیلات و مشکلات بیمه تامین اجتماعی اشاره کرد که اسدی فر سرپرست مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاون علمی ریاست جمهوری در پاسخ به این مشکل گفت:بر اساس قانون حمایت از شرکت‌های دانش بنیان، بیمه قرارداد‌هایی که ۱۶.۶۷ درصد برای قرارداد‌ها آن‌ها اعمال می‌شود در مورد شرکت‌های دانش بنیان معافیت دارد و مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاون علمی ریاست جمهوری طی نامه‌ای برای بیمه تامین اجتماعی تایید می‌کند.