یکی از مشکلاتی که دریاچه زریبار مریوان را تهدید می کند ورود فاضلاب روستا‌های اطراف به این دریاچه است که با وجود وعده‌های فراوان مسئولان برای حل آن هنوز در عمل کاری انجام نشده است.
سرازیر شدن فاضلاب چند روستای اطراف دریاچه، رشد بی‌رویه نیزار‌های زریوار و افزایش حجم رسوبات آن، از حد گذشتن میزان نیترات آب و به خطر افتادن حیات گونه‌های جانوری و گیاهی دریاچه در کنار خشک‌سالی، تغییر اقلیم و کاهش آبدهی چشمه‌های جوشان تأمین‌کننده منابع آبی دریاچه، همه و همه برای از بین بردن این دریاچه دست‌به‌دست هم داده‌اند.
این موضوع علاوه بر مشکلات زیست محیطی، مرگ تدریجی این نگین طبیعی و گردشگری استان را به دنبال دارد.