فرمانده کل ارتش در پیامی با تسلیت درگذشت آیت‌الله فاطمی‌نیا تأکید کرد که این استاد فرهیخته منشأ خدمات ارزنده‌ای در زمینه علوم اسلامی و تحقیق و پژوهش در این زمینه شد.
متن این پیام بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
مَوتُ العالِمِ مُصیبَةٌ لا تُجبَرُ و ثُلمَةٌ لا تُسَدُّ (پیامبر اکرم (ص))
درگذشت خطیب ارجمند، استاد برجسته عرفان و اخلاق، مورخ اسلامی و سالک الی‌الله حضرت آیت الله سید عبدالله فاطمی‌نیا بسیار موجب تأسف و تألم خاطر شد.
این استاد فرهیخته که از محضر بزرگانی همچون علامه طباطبایی، آیت‌الله بهجت، آیت‌الله بهاءالدینی، آیت‌الله محمدتقی آملی تلمّذ کردند، منشأ خدمات ارزنده‌ای در زمینه علوم اسلامی و تحقیق و پژوهش در این زمینه شده و آثار ارزشمندی را به یادگار گذاشته‌اند که بدون شک مرجع و چراغ راه دوست‌داران و شاگردان خود خواهد شد.
اینجانب ضمن آرزوی علو درجات از درگاه خداوند متعال برای آن استاد اخلاق و عالم مجاهد و انقلابی، درگذشت ایشان را به پیشگاه مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی)، بیت مکرم، شاگردان، ارادتمندان و بازماندگان آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم.
فرمانده کل ارتش جمهوری اسلامی ایران
سرلشکر سید عبدالرحیم موسوی