دبیرخانه سی‌ونهمین دوره جایزه کتاب سال جمهوری اسلامی ایران نامزدهای گروه «علوم خالص» این دوره از جایزه کتاب سال را معرفی کرد.
در موضوع «کلیات و تاریخ» این پنج کتاب به عنوان نامزد معرفی شدند:
۱. تاریخ اجتماعی معرفت: از گوتنبرگ تا دیدرو، تألیف پیتر برک، ترجمۀ یاسر خوشنویس، تهران: کرگدن، ۱۳۹۹، ۳۹۲ ص.
۲. التشریح، تألیف محمود بن مسعود عمادالدین‌شیرازی، تصحیح: محمدابراهیم ذاکر، تهران: مؤسسۀ پژوهشی میراث مکتوب، ۱۳۹۹، ۲ ج.
۳. توضیح الاشکال: شرح برتحریر اصول اقلیدس، تألیف محمدمهدی نراقی، تصحیح و تعلیق امیر رضایی، تهران: مؤسسۀ پژوهشی حکمت و فلسفه ایران، ۱۳۹۹، ۲ ج.
۴. طبایع الحیوان، تألیف شرف‌الزمان طاهر المروزی، تصحیح یوسف الهادی، تهران: مؤسسۀ پژوهشی میراث مکتوب، ۱۳۹۹، ۲ ج.
۵. منتهی الادراک فی تقاسیم الافلاک: نخستین رساله جامع در هیئت بطلمیوسی، تألیف نویسنده: ابومحمد عبدالجبار خَرَقی، زیرنظر: حسین معصومی‌همدانی، تصحیح، ترجمه و پژوهش حنیف قلندری، تهران: مؤسسۀ پژوهشی میراث مکتوب، ۱۳۹۹، ۶۹۶ ص.
در موضوع «ریاضیات» نیز این دو کتاب جواز ورود به مرحله دوم داوری را کسب کردند:
۱. بهینه‌سازی محدب، تألیف استیون بوید و لیون وندنبرگ، ترجمۀ حنان لهراسبی، تهران: دانشگاه شاهد، ۱۳۹۹، ۹۶۲ ص.
۲. تاریخ احتمال، محمدقاسم وحیدی‌اصل، تهران: مبتکران، ۱۳۹۹، ۴۲۸ ص.
همچنین در موضوع «زیست‌شناسی» این کتاب‌ها به عنوان نامزد معرفی شدند:
۱. اصول قارچ‌شناسی: زیست‌شناسی، رده‌بندی، ژنتیک، تألیف سیداسماعیل رضوی و سیدجواد صانعی، گرگان: پیک ریحان، ۱۳۹۹، ۵۵۸ ص.
۲. ملزومات زیست‌شناسی سلول‌های بنیادی، تألیف رابرت‌پل لانزا و آنتونی آتالا، ترجمۀ مریم مقدم‌متین، با همکاری فاطمه بهنام‌رسولی، ناهید ارغیانی، اطهرالسادات جوانمرد، سیدمهدی حسینی، آزاده حقیقی‌طلب، مروارید ساعی‌نسب، مریم شریف‌منصوری، محدثه صالح‌قمری، زهرا قنبری‌موحد، حجت نادری‌مشکین، زینب نشاطی، مهدی نهتانی، مشهد: دانشگاه فردوسی مشهد، ۱۳۹۹، ۷۴۸ ص.
در موضوع «زمین‌شناسی» نیز این سه کتاب به عنوان نامزد اعلام شدند:
۱. رسوب‌شناسی و چینه‌نگاری سکانسی کربنات‌ها، تألیف ولفگانگ شلاگر، ترجمۀ اکبر حیدری، ویراستاران: سیدمحمدعلی موسوی‌زاده، اهواز: دانشگاه شهید چمران، ۱۳۹۹، ۴۹۲ ص.
۲. زمین‌شناسی مهندسی پیشرفته، تألیف مجتبی حیدری و علی‌اکبر مؤمنی، همدان: دانشگاه بوعلی سینا، ۱۳۹۹، ۶۴۶ ص.
۳. سنگ‌شناسی دگرگونی، مفاهیم و واژه‌ها (شامل اطلس تصاویر میکروسکوپی)، تألیف مرتضی خلعت‌بری‌جعفری، تهران: جوان امروز، ۱۳۹۹، ۴۱۴ ص.
مراسم پایانی سی‌و نهمین دوره جایزه کتاب سال جمهوری اسلامی ایران در بهمن برگزار می‌شود.