کریم باقری در دور نهایی انتخابی جام جهانی به عنوان دستیار اسکوچیچ در تیم ملی فعالیت می‌کند.
باقری که در چهار بازی حساس و تاریخی تیم ملی در مرحله قبلی انتخابی جام جهانی تیم ملی را همراهی کرد، حالا دوباره با فدراسیون فوتبال توافق کرد که تا پایان بازی‌های مرحله نهایی انتخابی جام جهانی هم در کنار تیم ملی حضور داشته باشد.
البته با توجه به قراردادی که کریم باقری با پرسپولیس دارد، وی فقط در زمان برگزاری اردو‌ها و مسابقات و تعطیلی مسابقات باشگاهی به عنوان دستیار سرمربی کنار تیم‌ملی حضور خواهد داشت.