آیت الله حسینی بوشهری بر لزوم همکاری و همفکری بیشتر حوزه های علمیه و موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی تاکید کرد.
دبیر شورای عالی حوزه عای علمیه ارتباط موسسه پژوهشی امام خمینی با شورای عالی حوزه و مرکز مدیریت حوزه های علمیه را از نکاتی برشمرد که در پیوست حکم حجت السلام رجایی از سوی رهبری تاکید شده و این ارتباط زمینه‌ساز پیشرفت علوم اسلامی دینی در سطح داخل و خارج کشور خواهد شد.
حجت‌الاسلام و المسلمین رجبی مدیر موسسه امام خمینی هم گفت:ارتباط با حوزه علمیه، افزایش تولیدات فکری برای حوزه و نظریه پردازی در خصوص علوم اسلامی از اهداف این موسسه است که در تلاش هستیم با برنامه‌ریزی به این اهداف دست پیدا کنیم.
مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (تأسیس: ۱۳۷۸ش) از مراکز علمی و پژوهشی در قم که زیر نظر شورای عالی حوزه‌های علمیه قرار دارد و فعالیت آن، مصوّب شورای عالی انقلاب فرهنگی است.
تربیت طلاب در کنار دروس حوزوی، برای تحقیق، تدوین و تبیین معارف اسلامی از اهداف این مرکز آموزشی پژوهشی است.
فعالیت‌های آموزشی مؤسسه در مقاطع تحصیلی کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا در رشته‌های مختلف است.