رتبه دانشگاه شهید بهشتی براساس رتبه بندی لایدن در معیار‌های مرجعیت علمی، دیپلماسی علمی، دسترسی آزاد و تنوع جنسیتی ارتقا یافت.
در رتبه‌بندی سال جاری نظام رتبه بندی لایدن، ۳۶ دانشگاه از ایران در جمع ۱۲۲۵ دانشگاه برتر جهان قرار گرفتند. در این نظام رتبه‌بندی، در سال ۲۰۲۱ ایران با این تعداد حضور دانشگاه در بین کشورهای اسلامی رتبه نخست، ترکیه با ۳۲ دانشگاه رتبه دوم و مصر با ۸ دانشگاه رتبه سوم را دارد.
در سال ۲۰۲۱، دانشگاههای دنیا در ۲۰ شاخص در قالب ۴ معیار کلی مرجعیت علمی، دیپلماسی علمی، دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی در لایدن مورد رتبه‌بندی قرار گرفتند. این ارزیابی‌ها از تولیدات علمی دانشگاه‌ها در سال‌های ۲۰۱۶ تا ۲۰۱۹ از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است.