نمایندگان مجلس با اصلاح ایرادات شورای نگهبان به موادی از لایحه دوفوریتی شورا‌های حل اختلاف، نحوه تعیین هزینه‌های رسیدگی در شورا‌های حل اختلاف را اصلاح کردند.
به منظور رفع ایراد ردیف‌های (۱-۱۱) و (۲-۱۱) و تذکر ردیف ۲ شورای نگهبان ماده ۲۲ به شرح زیر اصلاح شد:
«ماده ۲۲- طرفین دعوا می‌توانند شخصاً در شورا حضور یافته یا از وکیل دادگستری استفاده نمایند. در موارد صلح و سازش استفاده از وکیل مدنی نیز مجاز است.»
۱-۱۱-با توجه به اینکه در موارد صلح و سازش استفاده از وکیل مدنی مجاز دانسته شده است، موارد غیرصلح و سازش در صلاحیت رسیدگی شورا‌های حل اختلاف، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
۲-۱۱- وجه تفکیک وکیل دادگستری و مدنی در موارد صلح و سازش ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
۲- در ماده ۲۲، عبارت دادگستری از داخل پرانتز خارج شده و به صورت وکیل دادگستری ذکر شود.
به منظور رفع ایرادات ردیف‌های (۱-۴) (درخصوص ماده (۵) مکرر) و (۱۲) شورای نگهبان ماده ۲۳ به شرح زیر اصلاح شد:
«ماده ۲۳- هزینه رسیدگی شورا‌های حل اختلاف در کلیه مراحل، در دعاوی کیفری و دعاوی حقوقی غیرمالی معادل هزینه دادرسی در محاکم دادگستری و در دعاوی مالی هزینه دادرسی معادل پنجاه درصد (۵۰%) هزینه دادرسی در محاکم دادگستری است.»
به منظور رفع ایراد ردیف (۱۳) شورای نگهبان در تبصره (۴) ماده ۲۴ عبارت «دارای سند رسمی» بعد از عبارت «اموال غیرمنقول» اضافه شد و یک تبصره به عنوان تبصره (۵) به ماده مذکور به شرح زیر الحاق شد:
«تبصره ۵ ـ رسیدگی به دعاوی راجع به اموال غیر منقول که فاقد سند رسمی هستند، صرفاً در صلاحیت مرجع صالح قضائی است.»
به منظور رفع ایراد ردیف ۱۴ شورای نگهبان تبصره ۱ ماده ۲۵ حذف شد.
متن ماده ۲۷ به شرح ذیل اصلاح شد: رئیس شورا شخصاً یا از طریق یکی از اعضاء، علاوه بر رسیدگی به دلایل طرفین، می‌تواند تحقیق محلی، معاینه محل و تأمین دلیل را انجام دهد.
به منظور رفع ایراد ردیف ۱۵ شورای نگهبان عبارت «مطابق ضوابط قانونی» بعد از کلمه «می‌تواند» اضافه شد.
۱۶-اطلاق تبصره ۲ ماده ۲۹، نسبت به مواردی که عذر موجه وجود داشته باشد، خلاف موازین شرع شناخته شد.
به منظور رفع ایراد ردیف ۱۶ شورای نگهبان تبصره ۲ ماده ۲۹ به شرح زیر اصلاح شد:
«تبصره ۲- مهلت اعتراض طرفین پرونده به تصمیم شورا با لحاظ جهات عذر موجه مذکور د ر ماده ۳۰۶ قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب ۲۱/ ۱/ ۱۳۷۹ برای اشخاص مقیم ایران بیست روز و برای اشخاص مقیم خارج از کشور دوماه از تاریخ ابلاغ است.»
تبصره ۳- دستور تخلیه موضوع ماده (۱۳) این قانون قابل اجراء نیست مگر با تأیید رئیس حوزه قضائی مربوط.
۷- اطلاق ماده ۱۳، در مواردی که موضوع متضمن دعوا با ماهیت قضایی است و همچون موضوع تبصره ۳ ماده ۲۹، در نهایت به تأیید مقام قضایی نیز نمی‌رسد، خلاف موازین شرع و مغایر اصول ۳۴، ۶۱، ۱۵۶ و ۱۵۸ قانون اساسی شناخته شد.
با توجه به اصلاحات به عمل آمده در ماده ۱۳ جهت رفع ایراد ردیف ۷ شورای نگهبان، تبصره ۳ ماده ۲۹ حذف شد.