داوطلب سیزدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری گفت: معتقد به دولت ائتلافی هستم و هیچ تعصب گروهی ندارم.
وی گفت: اگر مبنا قانون است شورای نگهبان بر این مبنا عمل کند و کاسه داغ‌تر از آش نشود انشاءالله رد صلاحیت اتفاق نمی‌افتد، اما اگر هم اتفاق بیفتد باید تابع قانون باشیم و برویم خانه نشین شویم.
مطهری درباره اینکه چه برنامه‌هایی برای آزادی بیان، رفع مشکلات زنان و فعالیت زنان مانند دوچرخه سواری دارد افزود: مساله آزادی بیان از آرمان‌های انقلاب بوده است. عدالت اجتماعی و اعتلای فرهنگی جزو شعار‌ها و آرمان‌های انقلاب بوده است در این زمینه‌ها واقعاً کوتاهی کرده‌ایم و آسیب‌هایی داریم که باید برطرف شود.
وی گفت: مشکل اساسی در حوزه ورزش زنان و حضور آنان در استادیوم‌ها جز شنا نداریم. به هر حال بی جهت ما موضوع را طولانی کردیم هیچ مرجع تقلیدی نمی‌تواند بگوید دوچرخه سواری بانوان ممنوع است کسی که پوشش خود را رعایت می‌کند ممنوعیتی برای انجام این کار نباید داشته باشد بی‌جهت مسائل زنان را بزرگ نکنیم.
مطهری افزود: حجاب و پوشش اسلامی هم اجباری نیست و مردم از روی انتخاب و با اعتقاد رعایت می‌کنند. عده‌ای هستند که به طور نسبی رعایت می‌کنند و ممکن است پوشش کامل نداشته باشند و نباید به این مسائل دامن زد.
وی درباره حضور علی لاریجانی در انتخابات نیز گفت: حدود ۲۰ روز است چه حضوری و چه تلفنی با ایشان صحبت نکردم و واقعا اطلاع ندارم که می‌خواهد بیاید یا نه.
این داوطلب انتخابات ریاست جمهوری درباره کابینه خود در صورت رییس جمهور شدن نیز افزود: به طور کلی معتقدم کابینه باید افراد متخصص با تجربه را در بر بگیرد چه اصولگرا چه اصلاح طلب چه آقا چه خانم چه شیعه و چه سنی. باید اصلح را انتخاب کنیم و همه در قدرت باشند اینکه گروهی روی کار می‌آید و همه گروه‌های مقابل را بیرون می‌ریزد بیشتر در کشور ما رایج بوده است، اما من چنین عمل نمی‌کنم.
وی گفت: برای معاون اولی در ذهن من برخی از این افرادی است که امروز کاندیدای ریاست جمهوری هستند برای وزارتخانه‌ها هم همینطور که گفتن اسم آن‌ها جالب نیست.
مطهری با بیان اینکه معتقد به دولت ائتلافی هستم ادامه داد: هیچ تعصب گروهی ندارم. نمی‌توان قول داد سه وزیر اهل سنت می‌گذارم یا هشت وزیر زن. ادعای این چنینی ندارم و این درست نیست، اما باید ببینیم برای پست چه کسانی صالح هستند و از بین آنان که اصلح هستند انتخاب کنیم ممکن است آن فرد اصلح اهل سنت یا اینکه زن باشد.
وی گفت: انتخاب زن پیام ویژه‌ای دارد زن را انتخاب می‌کنیم و اگر دو شیعه و سنی امتیاز مساوی داشتند و فرصت برای هر دو وجود دارد و هر دو برابر باشند در اینجا اهل سنت را انتخاب می‌کنیم که این پیام خوبی برای دنیای اسلام و اتهاماتی که به ما می‌زدند دارد.
علی مطهری گفت: ما در شرایط ویژه‌ای هستیم و میزان مشارکت مردم پیام مهمی برای دنیا دارد.
وی بعد از ثبت نام در سیزدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری در جمع خبرنگاران تصریح کرد: میزان مشارکت مردم پیام رسایی برای غرب دارد و حتی برای آمریکایی‌ها و همسایگان ما و چین و روسیه نیز پیام دارد در رفع سریع‌تر تحریم‌ها و احیای برجام نیز قطعا موثر خواهد بود و در بهبودی وضعیت زندگی مردم ما نیز اثرگذار است.
مطهری گفت: بنابراین فکر نکنیم که شرکت یا عدم شرکت ما تاثیری ندارد و کاری انجام نخواهد شد ممکن است به صد درصد مطالبات خود نرسیم، اما به ۷۰ تا ۸۰ درصد خواسته‌ها می‌رسیم بنابراین مشارکت فعالی از طرف مردم خواهیم داشت، زیرا مردم ما هر وقت احساس کنند انقلاب اسلامی نیازمند حضور آنهاست وارد می‌شوند.
وی درباره حضور خود در انتخابات تصریح کرد: من، چون به طور مستقل وارد رقابت انتخاباتی شده ام فعلا تصمیم اصلی ام این است که به نفع کسی کنار نروم و آمده ام که رقابت کنم.
مطهری همچنین در پاسخ به سوال خبرنگاری که پرسید شنیده شده که آقای علی لاریجانی برای ثبت نام به ستاد انتخابات خواهد آمد آیا شما در صورت حضور وی به نفع ایشان کنار می‌روید و صحت حضور ایشان در عرصه انتخابات چقدر است گفت: من با ایشان صحبت نکرده ام و واقعا اطلاعی ندارم که می‌آید یا خیر.
وی افزود: ایشان چهره سیاسی است و اگر هم بیاید مثل بقیه کاندیداهاست و من بدون اطلاع ایشان وارد عرصه شدم و ورود ایشان نیز تاثیری بر عزم و اراده من نخواهد داشت.
مطهری درباره اینکه آیا با همدیگر قهرید که در این خصوص مشورت نکرده اید؟ افزود: به خاطر پروتکل‌ها رفت و آمدمان کم است و فرصت نکردیم با همدیگر مشورت کنیم وقتی برگشتم با ایشان صحبت می‌کنم.