معاونت آموزش متوسطه وزارت آموزش و پرورش دستورالعمل «نحوه و فرآیند تأسیس دبیرستان‌های علوم و معارف اسلامی» را جهت اجرا به ادارات کل آموزش و پرورش استانها ابلاغ کرد.
گفتنی است؛ درخواست‌های واصله، پس از بررسی‌های لازم، در صورت تأیید، از طریق اتوماسیون اداری به معاونت آموزش متوسطه وزارت آموزش و پرورش ارسال تا نسبت به صدور مجوز از سوی کمیته علوم و معارف اسلامی اقدام و به استان ابلاغ شود.
بر اساس این بخشنامه؛ شهرستان‌هایی که دبیرستان علوم و معارف اسلامی (اعم از دولتی، وابسته و غیردولتی) در آن مناطق دایر نمی‌باشد، می‌توانند نسبت به تأسیس این دبیرستان‌ها به‌صورت دولتی اقدام نمایند. نظارت بر فعالیت‌های آموزشی و تربیتی این مدارس و ارزیابی از عملکرد آن‌ها بر اساس شیوه‌نامه‌های مربوط، بر عهده اداره آموزش و پرورش شهرستان، منطقه، ناحیه و اداره کل آموزش و پرورش استان است و دستگاه مؤسس، باید پشتیبانی و نظارت‌های ویژه خود را در رعایت قوانین و مقررات جاری در این مدارس اعمال نمایند.
یادآوری می‌شود؛ تأسیس دبیرستان علوم و معارف اسلامی غیردولتی، تابع ضوابط و مقررات قانون تأسیس و اداره مدارس و مراکز غیردولتی مصوب سال ۱۳۹۵ است و مؤسس، پس از اخذ مجوز از شورای نظارت، باید جهت راه‌اندازی رشته علوم و معارف اسلامی به‌صورت (ضمیمه-مستقل) از کمیته علوم و معارف اسلامی «تأییدیه» لازم را دریافت نماید.