نمایندگان مجلس شورای اسلامی برخی احکام مربوط به اصلاح ساختار بودجه کل کشور را اصلاح کردند.
نمایندگان همچنین جهت تامین نظر شورای نگهبان با حذف جزء ۷ و جزء ۸ بند (الف) ماده واحده این طرح موافقت کردند.
براساس جزء ۱ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ ایجاد شناسه پرداخت برای کلیه پرداخت‌های دولت از محل منابع عمومی و اختصاصی شامل طبقه‌بندی به تفکیک دستگاه اجرائی، اقتصادی (فصول و مواد ذیل فصول هزینه‌ای) عملیاتی (امور و فصل، برنامه، طرح و فعالیت) و نیز محل تأمین اعتبار و انجام کلیه پرداخت‌های مزبور از طریق حواله الکترونیک به همراه شناسه پرداخت با رعایت ملاحظات نظامی و امنیتی
همچنین براساس جزء ۲ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ استقرار کامل نظام پرداخت به ذینفع نهایی و ممنوعیت هرگونه پرداخت به غیرذینفع نهایی با رعایت ملاحظات نظامی و امنیتی جایگزین متن اصلی شد.
براساس جزء ۳ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ ثبت و ساماندهی فهرست کلیه افراد دریافت کننده کمک‌های حمایتی از محل بودجه عمومی در سامانه وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی به همراه شناسه پرداخت با رعایت سطوح دسترسی لحاظ شد.
در این زمینه علیرضا سلیمی و احمد امیرآبادی فراهانی در قالب تذکر و اخطار قانون اساسی تاکید بر حفظ حرمت افراد دریافت کننده کمک‌ها بودند، در نهایت رئیس مجلس شورای اسلامی تاکید کرد برای نظارت بر عملکرد کمیته امداد و نهاد‌های حمایتی لازم است سقف بودجه عمومی که در لایحه بودجه در نظر گرفته شده است، در سامانه‌ای با لحاظ سطوح دسترسی ثبت شود تا امکان نظارت فراهم شود.
براساس جزء ۴ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ تحویل خوراک از جمله نفت خام و میعانات گازی به اشخاص حقیقی و حقوقی با سازوکار ضمانت بانکی یا اعتبار اسنادی و تسویه آن حداکثر ظرف مدت سه‌ماه از زمان تحویل با رعایت مفاد قانون "حمایت از صنایع پایین دستی نفت خام و میعانات گازی با استفاده از سرمایه گذاری مردمی و اصلاحات و الحاقات بعدی آن" در نظر گرفته شد.
براساس جزء ۵ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ هرگونه پرداخت وجه بابت انعقاد و اجرای معاملات بزرگ و متوسط دستگاه‌های مشمول قانون برگزاری مناقصات مصوب ۲۵/۱/۱۳۸۳ به ثبت معاملات مذکور در سامانه تدارکات الکترونیکی دولت (ستاد) منوط شد.
براساس جزء ۶ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ تعیین افزایش حقوق و مزایا در بودجه کل کشور بر مبنای سیاست‌های کلی نظام اداری و رعایت عدالت تا سقف میزان مقرر در قانون مدیریت خدمات کشوری مصوب ۸/۷/۱۳۸۶ در پرداختی شرکت‌ها و بانک‌های دولتی و مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت و دستگاه‌های استفاده‌کننده از بودجه عمومی برای پرداخت حقوق و مزایا مدنظر قرار گرفت.
براساس جزء ۱۰ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ ارائه فهرست میزان معافیت‌های مالیاتی، گمرکی و بیمه‌ای و درصد معافیت هریک از آن‌ها و همچنین ارائه جدول بدهی‌ها و مطالبات قطعی شده و تعهد‌های دولت به اشخاص حقوقی خصوصی، تعاونی و مؤسسات عمومی غیردولتی، بانک‌ها و مؤسسات اعتباری دیده شد.
براساس جزء ۱۳ اصلاحی بند الف ماده واحده این طرح؛ درج منابع و مصارف بودجه ارزی در جدول مستقل با رعایت ملاحظات امنیتی صورت می‌گیرد.