نمایندگان مجلس شورای اسلامی، ساز و کار پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاملات کارفرمایی را مشخص کردند.
در بند (ل) تبصره (۶) آمده است: در معاملات پیمانکاری که کارفرما یکی از دستگاه‌های اجرائی موضوع ماده (۲۹) قانون برنامه ششم توسعه است، کارفرما موظف است همزمان با هر پرداخت، مالیات ارزش افزوده متناسب با آن را به پیمانکار پرداخت کند. تا زمانی که کارفرما مالیات بر ارزش افزوده را به پیمانکار پرداخت نکرده باشد، سازمان امور مالیاتی کشور حق مطالبه آن از پیمانکار یا أخذ جریمه دیرکرد از وی را ندارد. در مواردی که بدهی کارفرما به پیمانکار به صورت اسناد خزانه اسلامی پرداخت می‌شود در صورت درخواست پیمانکار، کارفرما موظف است این اوراق را عیناً به سازمان امور مالیاتی کشور تحویل دهد. سازمان امور مالیاتی کشور معادل مبلغ اسمی اوراق تحویلی را از بدهی مالیاتی پیمانکار کسر و اسناد مذکور را به خزانه‌داری کل کشور ارائه می‌کند. خزانه‌داری کل کشور موظف است معادل مبلغ اسمی اسناد خزانه تحویلی را به‌عنوان وصولی مالیات منظور کند.
در ماده (۲۹) برنامه ششم توسعه آمده است: دولت مکلف است طی سال اول اجرای قانون برنامه نسبت به راه‌اندازی سامانه ثبت حقوق و مزایا اقدام کند و امکان تجمیع کلیه پرداخت‌ها به مقامات، رؤسا، مدیران کلیه دستگاه‌های اجرائی شامل قوای سه‌گانه جمهوری اسلامی ایران اعم از وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و مؤسسات و دانشگاه‌ها، شرکت‌های دولتی، مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت، بانک‌ها و مؤسسات اعتباری دولتی، شرکت‌های بیمه دولتی، مؤسسات و نهاد‌های عمومی غیردولتی (در مواردی که آن بنیاد‌ها و نهاد‌ها از بودجه کل کشور استفاده می‌نمایند)، مؤسسات عمومی، بنیاد‌ها و نهاد‌های انقلاب اسلامی، مجلس شورای اسلامی، شورای نگهبان قانون اساسی، بنیاد‌ها و مؤسساتی که زیر نظر، ولی فقیه اداره می‌شوند و همچنین دستگاه‌ها و واحد‌هایی که شمول قانون بر آنها مستلزم ذکر یا تصریح نام است اعم از اینکه قانون خاص خود را داشته و یا از قوانین و مقررات عام تبعیت نمایند نظیر وزارت جهاد کشاورزی، شرکت ملی نفت ایران، شرکت ملی گاز ایران، شرکت ملی صنایع پتروشیمی ایران، سازمان گسترش نوسازی صنایع ایران، بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران، سازمان بنادر و کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران، سازمان توسعه و نوسازی معادن و صنایع معدنی ایران، سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران و شرکت‌های تابعه آنها، ستاداجرائی و قرارگاه‌های سازندگی و اشخاص حقوقی وابسته به آنها را فراهم نماید، به نحوی که میزان ناخالص پرداختی به هر یک از افراد فوق مشخص شود و امکان دسترسی برای نهاد‌های نظارتی و عموم مردم فراهم شود. وزارت اطلاعات، نیرو‌های مسلح و سازمان انرژی اتمی ایران از شمول این حکم مستثنی هستند.
اجرای این حکم درخصوص بنگاه‌های اقتصادی متعلق به وزارت اطلاعات، وزارت دفاع و پشتیبانی نیرو‌های مسلح تنها با مصوبه شورای عالی امنیت ملی مجاز خواهد بود. دستگاه‌های مشمول این ماده مکلفند حقوق، فوق‌العاده‌ها، هزینه‌ها، کمک هزینه‌ها، کارانه، پرداخت‌های غیرماهانه و مزایای ناخالص پرداختی ماهانه اعم از مستمر و غیرمستمر، نقدی و غیرنقدی (معادل ریالی آن) و سایر مزایا به مقامات، رؤسا، مدیران موضوع این ماده را از هر محل (از جمله اعتبارات خارج از شمول قانون محاسبات عمومی کشور مصوب ۱/۶/۱۳۶۶، درآمدهای اختصاصی، اعتبارات متفرقه، اعتبارات کمک‌های رفاهی، اعتبارات بودجه عمومی و منابع عمومی و همچنین اعتبارات موضوع ماده (۲۱۷) قانون مالیات‌های مستقیم با اصلاحات و الحاقات بعدی مصوب ۳/۱۲/۱۳۶۶، تبصره «۱» ماده (۳۹) قانون مالیات بر ارزش افزوده، مواد (۱۶۰) تا (۱۶۲) قانون امور گمرکی مصوب ۲۲/۸/۱۳۹۰ و یا اعتبارات خاص ناشی از واگذاری و فروش شرکت‌ها در سازمان خصوصی‌سازی، اعتبارات مربوط به ردیف‌های کمک به اشخاص حقیقی و حقوقی و سایر درآمد‌ها و موارد مشابه، منحصراً در فیش حقوقی منعکس و پس از ثبت در سامانه فوق، پرداخت کنند، به نحوی که میزان هرگونه ناخالص پرداختی ماهانه به هر یک از افراد مذکور بلافاصله در سامانه اطلاعاتی هر دستگاه مشخص باشد.