قشر‌های مختلف مردم و سازمان‌ها و نهاد‌های خراسان رضوی ترور شهید فخری‌زاده را محکوم کردند.
دکتر محمد کافی، رییس دانشگاه فردوسی مشهد در بیانیه‌ای نوشت: شهادت دانشمند مجاهد، دکتر محسن فخری زاده را به ملت بزرگ و خانواده فهیم دانشگاهیان ایران تسلیت گفته و امید دارم مسیری که توسط این رادمردان و وارستگان برای پیشرفت و سازندگی ایران هموار گشته، توسط جوانان و دانشمندان این کهن بوم ادامه یابد.
همچنین حجت الاسلام سید مهدی حسینی مطلق رییس نهاد مقام معظم رهبری در دانشگاه فردوسی مشهد افزود: دشمنان کور دل انقلاب اسلامی دانشمند بزرگ کشورمان شهید محسن فخری زاده را ترور و به شهادت رساندند، اما خون این شهید باعث رشد و اتحاد بیشتر این انقلاب و نابودی و فروپاشی استکبار و اسراییل خواهد شد.
به همین مناسبت حدود هزار نفر از دانشگاهیان خراسان رضوی امروز با حضور در مقابل دفتر نمایندگی وزارت امور خارجه در مشهد ترور شهید فخری زاده را محکوم کردند.
حاضران در این مراسم با در دست داشتن نوشته‌هایی همچون "دانشمند هسته‌ای شهادت مبارک"، "ما ملت شهادتیم"، "برجام را تمام کنید" و "نه سازش نه تسلیم نبرد با اسرائیل" این جنایت را محکوم کردند.
در این مراسم متن نامه سرگشاده شورای تبیین مواضع بسیج دانشجویی دانشگاه آزاد اسلامی مشهد قرائت شد.
اعضای شورای اسلامی شهر مشهد هم در بیانیه‌ای ترور دکتر محسن فخری زاده را محکوم کردند.
در بیانیه شورای اسلامی شهر مشهد آمده است: لکه ننگ و سیاه دیگری بر چهره مدعیان حقوق بشر نقش بست، دانشمند گرانقدر و انقلابی، محسن فخری‌زاده به فیض عظیم شهادت نائل آمد و به جمع شهدای این خاک مقدس پیوست.
این بیانیه می‌افزاید: شورای اسلامی شهر مشهد، با محکوم کردن این اقدام، ضایعه دردناک و ناراحت‌کننده از دست دادن این دانشمند را به خانواده این چهره انقلابی و فرهیخته و تمام ملت غیور ایران تسلیت عرض می‌کند.
در این بیانیه تاکید شده است: بی‌شک این ترور با پاسخ مناسب و درخور همراه خواهد شد و آنان که در ریختن خون این شهید والامقام دست داشتند، به سزای عمل خود خواهند رسید.
همچنین شورای هیات‌های مذهبی خراسان رضوی در پی ترور شهید محسن فخری‌زاده، در بیانیه‌ای اعلام کرد: استکبار جهانی، بدخواهان داخلی و خارجی نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران بدانند ملت بزرگ ما با ترور نیرو‌های زحمتکش و سربازان ولایت، هرگز در مقابل توطئه‌ها تسلیم نمی‌شود.
در ادامه این بیانیه آمده است: شورای هیات‌های مذهبی خراسان رضوی حمله تروریستی صهیونیست‌ها را به دانشمند هسته‌ای کشورمان محکوم نموده و از دستگاه‌های امنیتی و قوه قضاییه می‌خواهد با مسببان این حمله ناجوانمردانه به شدت برخورد کرده و آن‌ها را به اشد مجازات برسانند.
علما و مدرسین حوزه علمیه اهل سنت مظهرالتوحید تایباد نیز در بیانیه‌ای تاکید کردند: دشمنان این نظام و انقلاب بدانند که شهادت دانشمند هسته ای ایران بی پاسخ نخواهد ماند.
در این بیانیه آمده است: دشمنان کور دل که از رشد و موفقیت علمی، تحقیقاتی و صنعتی فرزندان این مرز و بوم به هراس افتاده و خود را در مقابل پیشرفتهای علمی دانشمندان ایران خوار و ذلیل دیدند دست به این جنایت عظیم زدند.
جامعه اهل سنت تایباد در این بیانیه با محکوم کردن این جنایت وحشیانه توسط استکبار جهانی، شهادت غرورآفرین دانشمند هسته ای کشور، شهید "محسن فخری زاده " را به مقام معظم رهبری، ملت شهیدپرور ایران اسلامی و ملت‌های به پا خاسته منطقه و تمام رزمندگان اسلام تبریک و تسلیت گفته و نابودی هرچه زودتر دشمنان قرآن و اسلام را آرزو کرده است.