جماعت علمای اهل سنت و حزب الدعوه اسلامی عراق با صدور دو اطلاعیه جداگانه شهادت محسن فخری زاده را به مقام معظم رهبری، ملت و دولت ایران تسلیت گفتند.
شیخ خالد الملا رئیس جماعت علمای اهل سنت عراق در این اطلاعیه، سازمان تروریستی موساد و همدستان منطقه‌ای او را مسؤول این ترور اعلام کرد و افزود: آن‌ها از نقش مهم ایران در منطقه نگرانند و از بی تاثیر بودن تحریم‌ها علیه ملت ایران و در عین حال از افزایش نقش علما و دانشمندان در پیشبرد اهداف ملی ایران کاملا ترسیده اند بنابراین دست به این اقدام جنایتکارانه زدند تا شاید بتوانند در پیشرفت ایران مانع تراشی کنند.
حزب الدعوه اسلامی نیز ترور شهید فخری زاده را خسارتی بزرگ توصیف و این اقدام جنایتکارانه را محکوم کرد و افزود: جنایتکاران خطر واقعی ایران علیه خود را قشر تحصیل کرده و دانشمند می‌دانند نه سلاح هسته‌ای و ترور شهید فخری زاده هم با همین هدف رذیلانه به وقوع پیوسته و ممکن است حتی بر تحولات منطقه تاثیر بگذارد.