رئیس سازمان امنیت عراق در دیدار با امام خمینی گفته بود که شرط ادامه اقامت ایشان در عراق دست کشیدن از مبارزه و عدم دخالت در سیاست است و امام نیز با قاطعیت پاسخ داده بودند که به خاطر مسئولیتی که در مقابل امت اسلام احساس می کنند حاضر به سکوت و هیچ گونه مصالحه ای نیستند.
در پی فشارهای رژیم عراق بر امام، حضرت امام تصمیم به هجرت تاریخی خود گرفتند.
هجرتی که تکمیل کنندۀ سیر طولانی و پرفراز و نشیب مبارزات آن حضرت بود. هجرتی که به گونه ای شگفت انگیز در اندیشه امام خطور کرد و باعث شد تا آرمانها و فریاد حق طلبانه یک مرجع دینی و شیعی در قلب اروپا و جهان غرب نیز طنین افکن شود.
امام خمینی از عامل این تصمیم چنین یاد می کنند: «... خیال ما هم این بود که به کویت و سپس به سوریه برویم ... هیچ برنامه ای هم نداشتیم به پاریس برویم.شاید مسائلی بود که هیچ ارادۀ ما در آن دخالت نداشت و هرچه بود – و از اول هم هرچه بود – اراده خدا بود... فقط خواست خدا بود که باید عملی می شد» از سوی دیگر بنا به اعتراف فرمانده هوانیروز کرمانشاه و همچنین اسناد موجود، ساواک به محض اطلاع از تصمیم امام مبنی بر ترک نجف، آماده می شود تا در صورت ورود به مرزهای ایران، آن حضرت را ربوده و به مرکز منتقل و از آنجا به نقطه نامعلومی ببرند. مقدم، رئیس ساواک به ریاست ستاد مشترک ارتش امریه ای را صادر کرده و می نویسد: «نظر به اینکه احتمال دارد نامبرده بالا (روح الله خمینی) از طریق یکی از مرزهای هوائی یا زمینی وارد کشور گردد و در این صورت خود و همراهانش بایستی بلافاصله و بدون فوت وقت با هواپیما با هلیکوپتر نظامی به مرکز اعزام شوند. خواهشمند است دستور فرمائید به فرماندهان پادگانهای نظامی و پایگاههای هوایی و فرمانداریهای نظامی شهرهائی که دارای مرز هوایی و زمینی می باشند اعلام نمایند تا در این زمینه هماهنگی لازم با سازمانهای اطلاعات و امنیت محل معمول دارند».
بعد از ملاقاتهای بدون نتیجه مسئولین سازمان امنیت عراق با امام، منزل آن حضرت در نجف توسط نیروهای بعثی محاصره شد.
امام از مواضع خود عقب نشینی نکردند و سرانجام تصمیم شورای فرماندهی حزب بعث عراق (قیادة الثوره) مبنی بر اخراج امام از عراق ابلاغ گردید. حضرت امام تصمیم گرفتند به کویت عزیمت کنند.
روز 12 مهر، امام خمینی نجف را به قصد مرز کویت ترک گفتند. دولت کویت با اشاره رژیم ایران از ورود امام به این کشور جلوگیری کرد.
دولت کویت پس از ساعتها معطلی اجازۀ ورود نداد.
امام و همراهان ناگزیر به بصره باز گشتند.
قبلًا صحبت از هجرت امام به لبنان و یا سوریه بود اما اجازه ورود از سوی مقامات سوری و یا امکان فعالیت سیاسی در آنجا مشخص نبود.
امام پس از مشورت با فرزندشان (حجت الاسلام حاج سید احمد خمینی) تصمیم به هجرت به پاریس گرفتند.
توقف کوتاه امام در فرانسه می توانست فرصتی برای ابلاغ پیام امام به مسلمانان اروپا و تهیه مقدمات سفر به کشور بعدی باشد.
امام پس از بررسی پیشنهاد و بحث در مورد وضعیت دیگر کشورها، تصمیم سفر به پاریس را اعلام داشت و سرانجام صبحگاه 13 مهرماه 1357 حضرت امام به همراه جمعی از یاران خویش بغداد را به سوی پاریس ترک کردند.
در روز 14 مهر ایشان وارد پاریس شدند و دو روز بعد در منزل یکی از ایرانیان در نوفل لوشاتو ( حومه پاریس) مستقر شدند.
در بدو ورود به پاریس، نمایندگان کاخ الیزه با امام ملاقات کرده و پیام رسمی دولت را مبنی بر ممانعت از هرگونه فعالیت سیاسی ابلاغ کردند.
امام در پاسخ با همان قاطعیتی که به مسئولین عراقی برخورد داشتند، فرمودند که این گونه محدودیتها خلاف ادعای دموکراسی است:
«ما فکر می کردیم که اینجا مثل عراق نیست. من هر کجا بروم حرفم را می زنم. من از فرودگاهی به فرودگاه دیگر و از شهری به شهر دیگر سفر می کنم تا به دنیا اعلام کنم که تمام ظالمان دنیا دستشان را در دست یکدیگر گذاشته اند تا مردم جهان صدای ما مظلومان را نشنوند. ولی من صدای مردم دلیر ایران را به دنیا خواهم رساند. من به دنیا خواهم گفت که در ایران چه می گذرد».
ژیسکاردستن، رئیس جمهور وقت فرانسه در خاطرات خویش نوشته است که دستور اخراج امام از فرانسه را صادر کرده بود ولی در آخرین لحظه ها نمایندگان سیاسی شاه که در آن روزها در نهایت درماندگی قرار داشت، خطر واکنش تند و غیر قابل کنترل مردم را گوشزد کرده و در مورد عواقب آن در ایران و اروپا از خود سلب مسئولیت کرده بودند.
در پی اخطار دولت فرانسه، سیل تلگرافها و نامه های شخصیتهای سیاسی و مذهبی و جمعیت ها و دانشجویان و علمای داخل و خارج کشور برای ژیسکاردستن رئیس جمهور و مقامات فرانسوی سرازیر شد که مصرانه خواستار آزادی عمل رهبر انقلاب بودند. محبوبیت امام و فشار افکار عمومی سبب شد تا مسئولین فرانسوی بدون آنکه رسماً موضع خود را اعلام کنند، در عمل از فشارهای خود کم کردند.
حضرت امام در نوفل لوشاتو در حومه پاریس بجز ساعات محدودی، تمام وقت کار می کردند. در مدت اقامت چهار ماهه امام در پاریس، نوفل لوشاتو مهمترین مرکز خبری جهان بود و مصاحبه های متعدد و دیدارهای مختلف امام دیدگاههای ایشان را در زمینه حکومت اسلامی و هدفهای آتی نهضت برای جهانیان بازگو می کرد.
به این ترتیب جمع بیشتری از مردم جهان با اندیشه و قیام ایشان آشنا شدند و از همین جا بود که بحرانی ترین دوران نهضت را در ایران رهبری کرد.
مسائل ایران و انقلاب اسلامی در این ایام در صدر اخبار جهان قرار داشت.