مختار ثقفی یا همان ابواسحاق بعد از واقعه عاشورا شروع به خونخواهی امام حسین علیه السلام کرد که به قیام مختار معروف است و مهم ترین دستاورد مختار محسوب می شود.
مختار بن ابو عبید ثقفی (ابواسحاق) رهبر سومین قیام بعد از واقعه عاشورا بود که به خونخواهی از امام حسین(ع) و شهدای دیگر عاشورا به پا خاست. پیش از واقعه کربلا میزبان مسلم بن عقیل، سفیر امام حسین(ع) در کوفه بود و تا زمان شهادت مسلم او را همراهی کرد اما در واقعه کربلا در زندان عبیدالله بن زیاد بود.(أنساب الأشراف،ج 6،ص:377؛ المنتظم،ج 6،ص:29)
مختار اهل طائف واز قبیله ثقیف بود. جد او، مسعود ثقفی از بزرگان حجاز بوده و به وی لقب عَظیمُ القَرْیَتَیْن داده بودند. مختار بعد از واقعه کربلا با وساطت عبدالله بن عمر نزد یزید آزاد شد، زیرا صفیه بنت ابوعبید همسر عبدالله بن عمر، خواهر مختار بود. عمر پس از آزادی با مختار شرط کرد که تا سه روز فرصت دارد که از کوفه خارج شود، در غیر اینصورت خونش به هدر می رود. (المنتظم،ج 6،ص:29)
هنگامی که سپاه یزید برای محاصره مکه و عبدالله بن زبیر حمله کرد، مختار به کمک عبدالله رفت، اما زمانی که عبدالله ادعای خلافت کرد از او جدا شده و به سوی کوفه حرکت نمود تا مقدمات قیام خود را فراهم کند.(آفرینش و تاریخ/ترجمه، ج 2، ص:910)
در ملاقات نمایندگان شیعیان عراق با محمد حنفیّه و امام سجاد(ع) در حجاز، آنان اظهار داشتند که مختار ما را به خونخواهی شما دعوت کرده است. امام و محمد حنفیّه در پاسخ آنان، اظهار داشتند که ما خواهان این کاریم و بر مردم واجب است او را یاری دهند.(بحارالانوار، ج 45، ص 365)
در بازگشت سران شیعه از مدینه به کوفه، مختار در جمع آنان اعلام کرد:مرا در جنگ با قاتلان اهل بیت و خونخواهی امام حسین(ع) یاری کنید. (تاریخ طبری، ج 6، ص 15؛ کامل ابن اثیر، ج 4، ص 215)
مختار در روز چهاردهم ربیع الاول سال 66ه.ق قیام خود را با شعار "یالثارت الحسین" آغاز کرد.(تاریخ ابن خلدون/ترجمه متن، ج 2، ص:44). شیعیان کوفه نیز همراهی خود را با مختار اعلام کردند. مختار به همراه یاران خود شمر بن ذی الجوشن، خولی بن یزید، عمر بن سعد را به قتل رساند. در این قیام ابراهیم بن مالک اشتر فرماندهی لشکر مختار را برعهده داشت. ابراهیم بن مالک اشتر فردی بود که عبیدالله بن زیاد را در موصل به قتل رساند. ( أسدالغابة،ج 4،ص:347 )
مختار سر عبیدالله بن زیاد را نزد امام سجاد (ع) در مدینه فرستاد، حضرت خوشحال شد و فرمود:
خدا جزای خیر به مختار دهد که خونخواهی ما نمود.
مهمترین دست آورد قیام مختار انتقام از قاتلین امام حسین (ع)بود که در کشتار فجیع کربلا شرکت داشتند.با قیام مختار، شمار زیادی از افراد به بهانه شرکت مستقیم یا غیرمستقیم در نبرد با حسین کشته شدند؛ در حالی که ده هزار نفر از اهالی کوفه نیز به بصره گریختند. او خانهٔ بسیاری از فراریان را ویران کرد.ا ین رویدادها باعث کاهش پشتیبانی اعراب از مختار شد.
مختار 18 ماه در کوفه حکومت کرد و در این دوران با سه گروه مروانیان در شام و آل زبیر در حجاز و اشراف کوفه جنگید و سرانجام در 14 رمضان سال 67ق در حالی که 67سال داشت به دست مصعب بن زبیر به شهادت رسید.( أسدالغابة،ج 4،ص:347 ؛ المعرفة و التاریخ،ج 3،ص:330)
مصعب پسر زبیر دستور داد تا دست مختار را قطع کرده و از دیوار مسجد کوفه آویزان کنند. هنگامی که حجاج بن یوسف بر کوفه مسلط شد چون هر دو از قبیله ثقیف بودند دستور به دفن آن داد. ( الکامل،ج 4،ص:275 )
پس از مختار هزاران نفر از طرفداران او که در قصر محاصره شده بودند تسلیم شدند، اما مصعب دستور قتل عام آنها را داد. این جنایت به اندازه ای وحشتناک بود که عبدالله بن عمر، با دیدن مصعب گفت:اگر این افراد، گوسفندان پدرت بودند، باز هم نباید این کار را انجام می دادی.(أنساب الأشراف،ج 6،ص:445)