بررسی‌های نظام رتبه بندی لایدن به عنوان یکی از معتبرترین نظام‌های رتبه بندی بین المللی نشان می‌دهد رتبه دانشگاه‌های ایرانی به نحو چشمگیری ارتقاء یافته است.
شاخص‌های این نظام به دو دسته کلی شاخص‌های تأثیر و همکاری‌های علمی تقسیم می‌شوند. این رتبه بندی در ۲۰ شاخص در قالب ۴ معیار کلی مرجعیت علمی، دیپلماسی علمی، دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی انجام می‌گیرد. این ارزیابی‌ها از تولیدات علمی دانشگاه‌ها در سال‌های ۲۰۱۵ تا ۲۰۱۸ (با حداقل ۸۰۰ مقاله) به سال قبل پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است.
نظام رتبه بندی لایدن بر خلاف سایر نظام‌های رتبه بندی موجود در سطح دنیا برای دانشگاه‌های حاضر در نظام خود رتبه‌ای واحد محاسبه نمی‌کند بلکه دانشگاه‌ها در کلیه معیار‌ها و شاخص‌های موجود در نظام لایدن مورد رتبه بندی قرار می‌گیرند.
از این رو یکی از ویژگی‌های رتبه بندی لایدن این است که به دانشگاه‌های حاضر در رتبه بندی خود، رتبه کل که برگرفته از تأثیر کلیه شاخص‌ها و وزن‌های مرتبط با آن‌ها است، اختصاص نمی‌دهد بلکه برای کلیه دانشگاه‌ها در این شاخص‌ها نمرات و رتبه‌ها را جداگانه محاسبه و منتشر می‌کند.
گروه رتبه بندی پایگاه استنادی علوم جهان اسلام گزارش وضعیت حضور دانشگاه‌های کشور در رتبه‌بندی لایدن در سال‌های مختلف را تهیه کرده است.
حضور دانشگاه‌های ایران در رتبه بندی لایدن ۲۰۲۰
همانطور که ملاحظه می‌شود تعداد دانشگاه‌های حاضر از ایران در رتبه بندی لایدن در سال ۲۰۱۳ سه مورد بود که سال ۲۰۱۹ به ۲۶ مورد و در سال ۲۰۲۰ به ۳۶ مورد افزایش پیدا کرده است، بررسی فوق نشان می‌دهد که از نظر دانشگاه‌های حاضر در این رتبه بندی در سال ۲۰۲۰ میزان رشد ۳۸ درصدی نسبت به سال ۲۰۱۹ داشته است.
رتبه اول ایران از نظر تعداد دانشگاه‌ها در منطقه و کشور‌های اسلامی
در رتبه بندی لایدن در سال ۲۰۲۰ تعداد ۳۶ دانشگاه کشور حضور دارند که دانشگاه‌های علوم پزشکی ایران، ارومیه، صنعتی نوشیروانی بابل، صنعتی مالک اشتر، مازندران، شاهرود، صنعتی سهند، زنجان، شهید چمران اهواز و دانشگاه یزد برای اولین بار در این نظام رتبه بندی حضور یافته اند.
معیار مرجعیت علمی
در معیار مرجعیت علمی تقریباً تمام دانشگاه‌های کشور (به جز ۴ دانشگاه) به لحاظ رتبه‌ای نسبت به سال گذشته عملکرد بهتری داشته اند و دانشگاه تهران که دانشگاه رتبه اول کشور است، از رتبه ۱۵۶ در سال ۲۰۱۹ به رتبه ۱۴۰ در سال ۲۰۲۰ رسیده است.