دستورالعمل دوره تابستان سال تحصیلی ۹۹-۹۸ برای رشته‌های غیرپزشکی دانشگاه آزاد اسلامی از سوی معاون علوم مهندسی و کشاورزی و معاون علوم انسانی و هنر دانشگاه ابلاغ شد.
در این دستورالعمل تأکید شده است: در راستای استفاده بهینه از توان و قابلیت‌های منابع انسانی، صرفه‌جویی در زمان و نیز استفاده از تمام ظرفیت‌ها و پتانسیل‌های موجود دانشگاه آزاداسلامی درخصوص برگزاری دوره آموزشی تابستان در مقاطع مختلف تحصیلی، این دستورالعمل ابلاغ می‌شود.
براساس این دستورالعمل؛ ثبت‌نام دوره تابستان در واحدها و مراکز دانشگاه آزاد اسلامی از تاریخ ۹۹/۴/۲۸ تا ۹۹/۵/۲ ادامه دارد و شروع کلاس‌های درسی از تاریخ ۹۹/۵/۴ تا ۹۹/۵/۳۰ بدون احتساب زمان ثبت‌نام و امتحانات، ادامه می‌یابد و زمان برگزاری امتحانات از تاریخ ۹۹/۶/۱ تا ۹۹/۶/۶ است.
در این دستورالعمل آمده است: تعداد کل ساعات تدریس دروس نظری و عملی دوره تابستان مشابه نیمسال‌های اول و دوم بوده و طی ۴ هفته آموزشی و برای دروس نظری به صورت مجازی (غیرحضوری) برای دروس عملی به صورت حضوری اجرا می‌شود. واحد‌های دانشگاهی موظفند درخصوص واحد‌های درسی ارائه شده در دوره تابستان، اطلاع‌رسانی لازم را انجام دهند.
براساس این دستورالعمل؛ حداکثر تعداد واحد‌های درسی قابل اخذ در دوره تابستان برای مقاطع کاردانی پیوسته و ناپیوسته و کارشناسی پیوسته و ناپیوسته ۸ واحد است.
برای دانشجویان دوره کاردانی و کارشناسی که با حداکثر ۱۰ واحد درسی فارغ‌التحصیل می‌شوند، اخذ ۱۰ واحد در دوره تابستان بلامانع است. بدیهی است اخذ دروس اندیشه‌ها و وصایای امام خمینی (ره) و روخوانی قرآن کریم علاوه بر ۱۰ واحد امکانپذیر نیست و اخذ دروس اندیشه‌ها و وصایای امام خمینی (ره) و روخوانی قرآن کریم علاوه بر حداکثر تعداد واحد انتخابی ذکرشده در جدول فوق بلامانع است.
براساس بند‌های این دستورالعمل، ارائه دروس در دوره تابستان اختیاری بوده و ترجیحاً در واحد دانشگاهی مرکز استان برگزار می‌شود. تمامی دانشجویان در مقاطع کاردانی، کارشناسی و کارشناسی ارشد می‌توانند در واحد محل تحصیل یا یکی از واحد‌های دانشگاه آزاد اسلامی در سراسر کشور (فقط در یک واحد دانشگاهی) ثبت‌نام کنند. اخذ درس/دروس در واحد مقصد منوط به ارائه معرفی‌نامه از واحد مبدأ (به همراه لیست دروس) است و بدون معرفی‌نامه واحد مبدأ اعتباری ندارد و قابل قبول نخواهد بود. در این خصوص رعایت پیش نیازی و هم‌نیازی دروس در انتخاب واحد دانشجویان الزامی بوده و در صورت عدم رعایت پیش نیازی دروس، موضوع قابلیت پذیرش و ثبت را نداشته و واحد‌های دانشگاهی از هرگونه مکاتبه در این خصوص خودداری کنند. اخذ دروس برای دانشجویان رشته‌های آموزشی (طرح آموزش معلمان) برابر مفاد دفترچه آزمون الزامی است.
همچنین دانشجویان دوره کارشناسی واحدها یا مراکز بین‌الملل در دوره تابستان با ارائه معرفی‌نامه از واحد مبدأ (به همراه لیست دروس) فقط در دیگر واحدها یا مراکز بین‌الملل می‌توانند انتخاب واحد کنند.
در این دستورالعمل تأکید شده که اخذ یا تمدید پایان‌نامه برای مقطع کارشناسی ارشد در دوره تابستان امکانپذیر نیست و دانشجویان دوره کارشناسی ارشد که در نیمسال دوم سال تحصیلی ۹۹-۹۸ واحد پایان‌نامه را اخذ و یا تمدید کرده‌اند، نیازی به ثبت‌نام در دوره تابستان نداشته و تا پایان شهریورماه می‌توانند از پایان‌نامه خود دفاع کنند. ارائه درس یا دروس ثبت‌نام ارزیابی جامع و اخذ یا تمدید رساله در دکتری تخصصی نیز در دوره تابستان امکانپذیر نیست و چنین اقدامی تخلف آموزشی محسوب می‌شود. دانشجویان مقطع دکتری تخصصی که در نیمسال دوم سال تحصیلی ۹۹-۹۸ نسبت به ثبت‌نام ارزیابی جامع اقدام کرده‌اند و واجد شرایط شرکت در ارزیابی جامع هستند (مطابق بخشنامه‌های مربوطه)، نیازی به ثبت‌نام در دوره تابستان ندارند.
دانشجویان سایر دانشگاه‌ها (اعم از دولتی و غیردولتی) با ارائه معرفی‌نامه از دانشگاه محل تحصیل می‌توانند در هر یک از واحد‌های دانشگاه آزاد اسلامی که مجری دوره تابستان است، ثبت‌نام و انتخاب واحد کنند.
در این دستورالعمل آمده است؛ کارکنان در واحد دانشگاهی محل اشتغال خود نمی‌توانند در دوره تابستان درس انتخاب کنند.