حضرات آیات صافی گلپایگانی، نوری همدانی، سبحانی و اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در پیام هایی جداگانه درگذشت آیت الله سید جعفر مرتضی را تسلیت گفتند.
آیت الله سبحانی هم در پیام خود این ضایعه را به حضرت ولیعصر(عج) و جامعه روحانیت شیعه بالاخص به بازماندگانش تسلیت گفته است.
در بخشی از این پیام آمده است:
در ایام سوگواری اربعین سالار شهیدان که مسلمانان در غم و اندوه فرورفته بودند، بار دیگر، جامعه اسلامی با مصیبت جدیدی که بحق باید آن را ثلمه در اسلام نامید که لا یسدّها شیء، روبرو شدند و آن درگذشت عالم بزرگوار، محقق عالیقدر در عرصه ولایت مرحوم آیت الله سید جعفر مرتضی (قدس الله سره) است و آن هم در شب رحلت جدّ بزرگوارش پیامبر اسلام و این حاکی از یک نوع پیوند با جدّ بزرگوارش خاتم پیامبران می باشد.
آثار این محقق بدون استثناء بسیار سودمند و مفید است او در تحقیق موضوع فروگذار نمی کرد. اثر اخیر ایشان درباره سیره نبوی، اثر ماندگار و بسیار ارزشمند است.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم هم در پیامی این فقدان بزرگ را تسلیت گفته است؛ در این پیام آمده است:
این عالم فقید، اندیشمندی فرزانه و مورخی ژرف‌نگر بود که آثار ارزشمند و ماندگاری در تاریخ‌نگاری به‌ویژه در سیره‌نویسی نبوی و علوی به یادگار گذاشت. کوشش و اجتهاد کم‌نظیر ایشان در تحقیقات تاریخی آثاری سرشار از استناد، استدلال، اتقان، جامعیت و پختگی را به ثمر نشاند که همواره منشأ الهام و تقدیر اندیشمندان است.