بولتون از سال 2006 که کارهاي دولتي را کنار گذاشت روابط دوستانه اي با فعالان ضد مسلمان در آمريکا داشته است.
به گزارش سرويس بين الملل خبرگزاري صداوسيما نشريه هافينگتون پست در مقاله اي نوشت: جان بولتون که رئيس جمهور آمريکا، وي را براي سمت مشاور امنيت ملي انتخاب کرده اسلام هراس است و با گروه‌هاي ضد مسلمانان در آمريکا روابط نزديکي دارد. يکي از جنبه هاي کاري بولتون که کمتر شناخته شده است اما مي تواند مشکل ساز باشد همکاري او با جنبش هاي ضد مسلمانان در آمريکا است. نهاد عواد رئيس شوراي روابط اسلامي آمريکا از همه طيف هاي سياسي آمريکا خواست تا به انتخاب جان بولتون به عنوان مشاور امنيت ملي کاخ سفيد اعتراض کنند.
بولتون از سال 2013 رئيس موسسه گيت استون بوده که يک انديشکده ضد اسلامي است. بولتون در سال 2016 سخنران اصلي کنفرانسي بود با عنوان اسلام و تمدن غرب: آيا همزيستي اين دو امکان پذير است؟ او در ابتداي سخنانش به شوخي گفت رئيس جمهور باراک اوباما در خفا يک مسلمان است. مخاطبين او که همه آمريکائيان اسلام هراس بودند خنديدند و دست زدند. بولتون از سال 2006 که کارهاي دولتي را کنار گذاشت روابط دوستانه اي با فعالان ضد مسلمان در آمريکا داشته است. البته استيو بنن، استراتژيست سابق کاخ سفيد، جف سشنز دادستان کل، مايک پمپئو رئيس سابق سيا، سباستين گورکا مشاور امنيت ملي سابق و استفان ميلر مشاور ارشد سياسي همه روابط خوبي با گروه‌هاي ضد مسلمانان داشته اند.