رهبر معظم انقلاب اسلامی مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود.
ایشان ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای خاطر نشان کردند: معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال 1356 را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی به‌شدت علاقمند و عاشق امام بود و کوچکترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاستگذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای محمدعلی انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های کنگره بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده بیان کردند.