روستای جوجوخ مرجانلی همچون بیشتر روستاهای واقع در مناطق مورد مناقشه قره باغ 23 سال پیش بر اثر جنگ میان ارمنستان و جمهوری آذربایجان به کلی تخریب و با مهاجرت جمعیت آن، این روستاخالی از سکنه شدو فقط یک خانواده تاکنون در این روستا به زندگی خود ادامه داده است .
اهالی روستای جوجوخ مرجانلی همچون دیگر مردم مناطق جنگ زده در جمهوری آذربایجان در آرزوی بازگشت به خانه و کاشانه خود هستند، امری که مستلزم اقدام اساسی و جدی گروه مینسک برای حل وفصل مناقشه قره باغ و اختلافات مرزی میان جمهوری آذربایجان وارمنستان است.