پس از اتمام تحصیل در بهبهان به توصیه و خواست پدر برای تحصیل علوم دینی به شهر قم رفت و در حجره ایی در مدرسهٔ علوم دینی آیتالله گلپایگانی در قم ساکن و مشغول به تحصیل شد بعد از پایان تحصیلات برای ارشاد و راهنمایی مردم به محل زندگیاش بازگشت. پناهی بازیگری را نخست از مجموعه تلویزیونی محله بهداشت آغاز کرد، سپس چند نمایش تلویزیونی با استفاده از نمایشنامههای خود ساخت. حسین پناهی نمایش دو مرغابی در مه را نویسندگی، کارگردانی کرد و این نمایش با بازیگری او از تلویزیون پخش شد.
نمایش های دو مرغابی در مه و یک گل و بهار که پناهی آنها را نوشته و کارگردانی کرده بود، بنا به درخواست مردم به دفعات از تلویزیون پخش شد. در دهه شصت و اوایل دهه هفتاد، او یکی از نوآورترین نویسندگان و کارگردانان تلویزیون بود.
وی در ۱۴ مرداد ۱۳۸۳ در سن ۴۸ سالگی درگذشت و در آرامستان شهر سوق به وصیت خود او (به دلیل اینکه مادرش در آنجا دفن شدهاست) به خاک سپرده شد. علت مرگ وی بنا به گواهی فوت ایست قلبی اعلام شد.